<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>Hi Sheng-You,</div><div><br></div><div>On Apr 10, 2013, at 8:58 AM, Huang, Shengyou wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div fpstyle="1" ocsi="0"><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt; "><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><font color="#000000" size="3" face="Arial">Dear Chimera developers,</font></div><div style="font-family: 'Times New Roman'; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; "><div><div style="font-family: Tahoma; direction: ltr; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt; "><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><font size="3" face="Arial"></font>&nbsp;</p><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><font size="3"><font color="#000000" face="Arial">Thank you for developing such a great and convenient&nbsp;software<a></a><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>package.</font></font></div></div></div></div></div></div></span></blockquote><div><br></div>Thanks! &nbsp;I'm glad you find it useful.</div><div><br><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div fpstyle="1" ocsi="0"><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt; "><div style="font-family: 'Times New Roman'; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; "><div><div style="font-family: Tahoma; direction: ltr; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt; "><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><font size="3"><font color="#000000" face="Arial">Is there a way to use commands to select/identify those incomplete&nbsp;sidechains<a></a><a></a><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>of a protein?</font></font></div></div></div></div></div></div></span></blockquote><div><br></div>No, not without some monkeying around with Python. &nbsp;But the monkeying around is fairly simple in this case. &nbsp;Just take the Python code I've attached below and save it in a file that ends with ".py". &nbsp;Then you can use the "open" command to open the file, which executes the code. &nbsp;It will print the residues that are incomplete to the reply log. &nbsp;The code is basically a straight copy of the same code from Dock Prep, with a few mods to make it work as an independent script.</div><div><div><br></div><blockquote type="cite"><div fpstyle="1" ocsi="0"><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt; "><div style="font-family: 'Times New Roman'; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; "><div><div style="font-family: Tahoma; direction: ltr; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt; "><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><font size="3"><font color="#000000" face="Arial">In addition, is&nbsp;it possible to do the&nbsp;DockPrep<a></a><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>job using commands instead of menu?</font></font></div></div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div>Again, not directly. &nbsp;Is the purpose of this to execute Dock Prep in batch mode? &nbsp;If so, this message from the dock-fans mailing list describes how to do that:</div><div><br></div><div><a href="http://mailman.docking.org/pipermail/dock-fans/2007-May/001043.html">http://mailman.docking.org/pipermail/dock-fans/2007-May/001043.html</a></div><div><br><blockquote type="cite"><div fpstyle="1" ocsi="0"><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt; "><div style="font-family: 'Times New Roman'; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; "><div><div style="font-family: Tahoma; direction: ltr; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt; "><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><font size="3"><font color="#000000" face="Arial">Thank you very much for your help!</font></font></div></div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div>You're welcome!</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -webkit-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></div><br class="Apple-interchange-newline"></span></div><div><br></div><div></div></body></html>