<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">thank you sir actually I am student of BS(Hons.) Bionfo & Biotech and Chimera was my presentation topic , Today was my presention and I do alot ..<div>I presented the following</div><div><div>1- Introduction to chimera</div><div>2-How to load a structure into chimera</div><div>   open  and  fetch</div><div>3- How to edit, select(chains, residues, atoms, also atom specifier), delete, </div><div>4- Actions, zoom and drag , coloring and change the view of model (bonds, atoms, surface, ribbon, residues etc...) </div><div>5-How to make animations</div><div>6-How to use commands</div><div>7-How to save animation in movie file and in accession file</div><div>8- How to align and superimpose two or more model structures and then their sequences and how to check RMSD</div><div>9-How to make or built a structure from peptide or amino acid
 sequence , and how to get or show the sequnce from protein model</div><div>10-How to make Ramachandran Plot</div><div>11-How to save high defination image</div><div>12-How adjust bonding</div><div>13-How to make solvate model </div><div>14-How to make userinterface of our own choice</div><div>15-How to select tow different atoms and then how to make bond between them</div><div>16-How to merg two different model into one</div><div>17-How to two find a conserved region in the structure by giving the conserved sequence as input</div><div>19-How to select and activate a specific model</div><div>20-How to move different objects by mouse </div><div><span style="font-size: 10pt;">21-How to split a model into its chains</span></div><div>22-How to close a specific model</div><div>23-commands</div><div>24-How to show the ligand surface</div><div>25-ViewDock check the binding between the ligand and receptor</div><div>26-How to check the resolution of PDB
 structure</div><div>27-How to measure volume and area</div><div>28-How to save selected part of model into another separate as a PDB file</div><div>29-analyzing metal ion coordination geometries</div><div>30-viewing controls (side view, camera, lighting, shining)</div><div>31-Find clashes and contacts</div><div>32-Docking with autodock vina ( ligand-receptor binding )</div><div><br></div><div> thank you so much sir for helping......</div><br>--- On <b>Tue, 4/9/13, Elaine Meng <i><meng@cgl.ucsf.edu></i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu><br>Subject: building DNA<br>To: "Muhammad ALi" <muh.ali741@yahoo.com><br>Cc: "chimera-users@cgl.ucsf.edu Mailing List" <chimera-users@cgl.ucsf.edu><br>Date: Tuesday, April 9, 2013, 4:15 PM<br><br><div class="plainMail">On Apr 8, 2013, at 6:42 AM, Muhammad ALi
 wrote:<br><br>> hi <br>> can we make a DNA model with chimera???<br><br>Hello,<br>Although you can build very approximate DNA in Chimera with the "rna" command <<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/rna.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/rna.html</a>>, the result is rough and mainly just for viewing.  If you are planning to do detailed modeling or further calculations with the DNA, I would recommend not using Chimera, but instead some other program.<br><br>For example, here are some web servers that I believe will build DNA:<br><<a href="http://structure.usc.edu/make-na/" target="_blank">http://structure.usc.edu/make-na/</a>><br><<a href="http://w3dna.rutgers.edu/index.php/rebuild" target="_blank">http://w3dna.rutgers.edu/index.php/rebuild</a>><br><br>Elaine<br>----------<br>Elaine C. Meng, Ph.D. <br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt
 Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br><br></div></blockquote></div></td></tr></table>