<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>Hi Antoine,</div><div><br></div><div>On Apr 8, 2013, at 7:39 AM, Antoine Maillard wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>Dear Chimera developpers,<br><br>Thank you so much for your work and your dedication!<br>Having used Chimera quiet intensively recently, I have listed a few suggestions for your consideration.<br><br>Suggestion #1:<br>Tools &gt; Structure Editing &gt; Change Chain IDs: lacks a "restrict to current selection" button (would allow to name various domains of a single protein)<br></div></blockquote><div><br></div>Are these domains disconnected from one another? &nbsp;Because I don't think there are many programs (including Chimera) that will like connected polypeptide chains that change chain IDs in the middle. &nbsp;If we're talking about disconnected domains then I can see the usefulness. &nbsp;Otherwise I would think that a named selection or and alias would be more appropriate -- and more descriptive.</div><div><br><blockquote type="cite"><div>Suggestion #2:<br>Named selections: - I did not find out how to edit them (even "suppress" would add flexibility and reliability).<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;- The list is not refreshed as session is closed (Windows). Thus opening and closing sessions one after the other results in merging the "Named selections" of all sessions successively opened...<br></div></blockquote><div><br></div><div>In the current daily build if a named selection becomes empty (which will happen during session close for example) it will delete itself. &nbsp;Does this meet the need you're describing? &nbsp;Otherwise I could implement ~namesel for deleting them even when they're not empty...</div></div><div><br><blockquote type="cite"><div>Suggestion #3:<br>The 'window-size memory' feature that was devised by Eric for the File&gt;Open window would be of interest to most windows: model panel / matchmaker / match / etc... Could you make it a general feature of the various windows in the GUI?</div></blockquote><div><br></div><div>Well, due to the way the windowing library we use (Tk) works, it is quite a headache to impose an overall size on a window&nbsp;<i>a priori</i>. &nbsp;The File-&gt;Open thing works by imposing a size on the browser widget inside the window and the window adjusts to compensate. &nbsp;I wouldn't want to try to do this on a generic window basis. &nbsp;Nonetheless, for certain dialogs where it would be high value (<i>i.e.</i>&nbsp;that get a lot of use and that are resized initially a lot) I could see implementing it. &nbsp;The Model Panel comes to mind as you suggested. &nbsp;I'd listen to other suggestions...</div><div><br></div><blockquote type="cite"><div>(It would also be a plus if the preferred location of any of these windows could be memorized as well.)<br></div></blockquote><div><br></div><div>This has been suggested and I have thought about it. &nbsp;The are several problems. &nbsp;One is that it doesn't work well with tiling. &nbsp;Say you bring up some dialogs that get tiled. &nbsp;Then you bring up a dialog whose placement is remembered, and it is right on top of the tiled dialogs. &nbsp;Or say you make the main Chimera window larger today that you did yesterday -- there's an excellent chance that the memorized positions will be on top of the larger window. &nbsp;Or you put the Chimera window on the right side of your display instead of the left side. &nbsp;Or you put it on a second monitor. &nbsp;I think you get the idea.</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 16px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 16px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 16px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></div><div><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; "><br></font></div><blockquote type="cite"><div><br>I trust your expert appreciation whether these suggestions are to be implemented sooner or later... or never :-(<br>Thank you for your consideration and for your help!<br><br>Antoine<br><br><br>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></div></blockquote></div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -webkit-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
<br></body></html>