<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>On Apr 5, 2013, at 7:43 AM, Ignacio Faustino wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Dear Chimera users,<div><br></div><div>I would like to know if there is a easy way to compute the difference between a couple of dihedrals a color a residue depending on the result.</div><div><br></div><div>I guess I have to do some python scripting but just in case I want to ask.</div></div></blockquote><br></div><div>Hi Ignacio,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>In very narrow cases you can without resorting to Python. &nbsp;Namely when the dihedrals you want to compare are in the same residue and are either the phi, psi, or chi angles. &nbsp;In that case you can use the Attribute Calculator tool to make a new residue attribute that is the difference (<i>e.g.</i>&nbsp;formula: residue.phi - residue.psi) and then use Render By Attribute to color the residues based on this new attribute.</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Otherwise, you will have to resort to Python. &nbsp;Look at the "Atomic Measurements" programmer's example -- specifically the documentation for chimera.dihedral in the Basic Measurements Functions -- for details. &nbsp;Feel free to ask questions on chimera-dev. &nbsp;You can have your script just compute a residue attribute and then afterward you would use Render By Attribute to set the actual coloring (and see the histogram of values). &nbsp;Since a difference of angles can range from -360 to 360 you should probably normalize the values back into a -180 to 180 range.</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
<br></body></html>