<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div class="moz-cite-prefix">One way you can show those in chimera
      is a broadened ribbon image, or morphed animation. Generate
      several pdbs of your protein with per-residue displacement along
      the eigenvectors in something like R, and then open them all in
      chimera, displace as backbone trace rounded ribbon.&nbsp; the overlay
      will show the eigenvectors and eigenvalues as broadened stacks of
      ribbons in the direction and magnitude of the motion. If you morph
      between the conformations, you'll get a nice animation of the
      displacement along any principal component. <br>
      <pre class="moz-signature" cols="72">Rebecca Swett
Wayne State University
357 Chemistry
Detroit, MI 48201

Lab Phone 313-577-0552
Cell Phone 906-235-0768</pre>
      On 3/22/2013 9:47 AM, Prasanna Venkatesh wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CANuTWGaHBntBP3pS74OspoEV2c-qX2oAMgYo+vJA-=iQBhMZgg@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr"><span
          style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Dear
          support member,</span>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
          <div>&nbsp; &nbsp;I would like to know the steps or command lines that I
            should follow to make 3D projection of eigen vectors like
            Tube representation or porcupine plots in Chimera. Thank you
            in advance.</div>
        </div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
        </div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Regards,</div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Prasanna</div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
          Ph.D student&nbsp;</div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Ajou
          university, South Korea</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>