Thank you Elaine!  In this case the first suggestion, using a semi-colon separator worked perfectly. Thanks again!<div><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 28, 2013 at 12:25 PM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Steve,<br>
To avoid displaying intermediate states, you can combine commands on one line with semicolon separators, for example:<br>
<div class="im"><br>
vop morph #0,1; volume #2 color khaki<br>
<br>
</div>See the general information on command files:<br>
&lt;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/indexcommand.html#cmdfile" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/indexcommand.html#cmdfile</a>&gt;<br>
<br>
Another possibility in this case is to create the morph volume, color it as desired, and hide it before starting recording (before the &quot;movie record&quot; command), and just redisplay it later in the movie content portion of the script.<br>

<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Feb 28, 2013, at 8:20 AM, Steve Reichow wrote:<br>
<br>
&gt; Hi,<br>
&gt; I am writing a movie script that uses the vop morph command to morph between two EM maps #0 and #1:<br>
&gt;<br>
&gt; vop morph #0,1<br>
&gt;<br>
&gt; The output map #2 from this command is displayed in a random default color that I would like to change. I have tried the following:<br>
&gt;<br>
&gt; vop morph #0,1<br>
&gt; volume #2 color khaki<br>
&gt;<br>
&gt; This works, but the very first frame in the movie following the vop morph still contains the default color, while the following frames contain the set color &#39;khaki&#39;. This results in a flicker in the movie with the wrong color. Any help/suggestions on how to get this set correctly? Let me know if there needs clarification - thanks!<br>

&gt;<br>
&gt; I am using Chimera Version 1.6 Mac OSX<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br><b>Steve Reichow<br></b>Email: <a href="mailto:slreichow@gmail.com" target="_blank">slreichow@gmail.com</a><div><div><div>
<div>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~</div></div></div></div>
</div>