<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>On Feb 22, 2013, at 5:05 PM, Kirsten Reimer wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>Hi there,<br><br>I've been using Chimera for several weeks now and I'm having some trouble with the energy minimization tool. I'm attempting to model a small RNA structure, and I keep getting the same error (using all default settings). To be honest I don't know enough about the program to feel comfortable changing the settings. I've attached the .pdb file that I'm using as well as the error message. Is there some way I could get help with this? Thank you!</div></blockquote><br></div><div>Hi Kirsten,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Your structure already has hydrogens, so when the Dock Prep part of the minimization setup shows up, turn off the "Add hydrogens" check button. &nbsp;In the "Delete 5' phosphate" dialog, click OK. &nbsp;I think the minimization then works without any other changes (make sure you are using at least the 1.7 release).</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Your structure seems to get stuck in a high-energy "well" using only steepest-descent steps, so I think you will also have to use a significant amount of conjugate-gradient minimization as well, despite it being quite slow with such a large structure.</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
<br></body></html>