Hello,<div>  I am just starting out using the program for a project with my Biochemistry professor.  We are trying to develop a simple procedure to visualize the Coulombic surface of short DNA sequences.  I have very little experience working with Chimera and do not know if I am going about it in correct way that will yield meaningful data.  I have tried following the instruction but must of them seem to be for people who are more familiar with the programs than I am.  Basically what I have tried is opening a pdb file, running PDB2PQR, opening the pqr file then running APBS on that. I am not sure what to do with the .dx file that comes out and how to use it to color the surface.  If I use it to color the Electrostatic potential map I get a range of values that seem to be not what my professor is expecting.  If I instead use the coulombic surface tool I get values like she expects but I am not sure if these are connected to the .dx file or just the pdb2pqr file.  Any help would be greatly appreciated thank you.</div>

<div><br></div><div>Armond Minor</div><div>Student, Biochemistry, SUNY Oneonta</div>