Hi chimera users, I was wondering if there is any way to build an average pdb from an Amber MD simulation of a system that doesn't contain any biopolymer. I know there is a script within the Amber suite, to generate an average pdb, but I'm doing the MD in several parts, and then reimaging them, so I wanted to check if the results of the Amber script, that makes an average on the coordinate file (.rst) without centering the system, is the same that I could have after applying the reimaging-centering script.<div>
<br></div><div>Thank you!<br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)"><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)"><br>
</span></div></span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)"><a href="http://webs.uvigo.es/webqo3/people/eduardo.html" target="_blank">Eduardo Troche Pesqueira</a></span><div>
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">Tel. 986812309<br>Edificio E, Andar 3º, Laboratorio1<br>Facultade de Químicas<br>Departamenteo de Química Orgánica<br>Lagoas-Marcosende<br>
Universidade de Vigo</span></div>
</div>