Hi,<div>I think every software has its strength and weakness. That is why we use them all in a complementary manner. And that is why we need them all.</div><div><br></div><div>Regard,</div><div>Andrei<br><br><div class="gmail_quote">
On Sun, Jan 6, 2013 at 5:47 PM, Rudy J. Richardson <span dir="ltr"><<a href="mailto:rjrich@umich.edu" target="_blank">rjrich@umich.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
To whom it may concern:<br>
<br>
First, my profound thanks to the creators of Chimera for a superb research and teaching tool. I am especially grateful for the excellent interface with Modeller for doing such things as creating and optimizing loops to repair chain breaks in X-ray structures; this feature is greatly improved in v. 1.7rc.<br>

<br>
I am also grateful that Chimera can be used to visualize results of MD simulations with, e.g., NAMD. However, in addition to viewing results, it would be great if Chimera could be developed to serve as an interactive GUI for setting up, running, and analyzing NAMD simulations, including steered MD, as well. There is a real need to make MD more accessible to a wider range of scientists, and it appears that Chimera could be an excellent platform for this. I realize that VMD has co-evolved with NAMD for this purpose, but VMD lacks the integration, polish, and intuitive ease of use of Chimera.<br>

<br>
Thank you.<br>
<br>
Sincerely yours,<br>
<br>
Rudy<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/<u></u>mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
</blockquote></div><br></div>