<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Okay, the executive summary for those interested is that in a case like this where minimization gets "stuck" on a large structure you may have to minimize badly distorted parts of the structure separately first by using the "fragment" option of the <i>minimize</i>&nbsp;command (<i>not</i>&nbsp;the "freeze" option in the tool or command, which still uses the remainder of the structure in the calculation).<div><br></div><div>--Eric</div><div><br><div><div>On Jan 2, 2013, at 1:34 PM, Eric Pettersen wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>On Dec 29, 2012, at 7:40 AM, Damien Larivière wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>Dear all,<br><br>I'm currently minimizing a circular DNA molecule, relatively large (~11 000 atoms). I use "Minimizing structure" in Structure editing.<br><br>The first phase, the Steepest Descent Steps, works fine.<br><br>However, the second one, the Conjugate Gradient Steps, looks like blocked with the message "dock prep finished" at the bottom of the screen.<br><br>If I remove one base pair so that the molecule is no more cyclized, then the second minimization stage starts as expected.<br><br>I'm not versed in the art of minimization. Do you know the reason of this behavior?</div></blockquote><br></div><div>Hi Damien,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>I cannot reproduce this behavior. &nbsp;A small circular peptide (attached) minimizes fine with conjugate gradient. &nbsp;I need you to open a bug report (in Chimera, Help-&gt;Report A Bug) and attach the circular DNA structure. &nbsp;Thanks!</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -webkit-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></div><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
</div><span>&lt;circular.pdb&gt;</span><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "></div>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div></body></html>