<HTML><HEAD><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></HEAD><BODY><font style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">
Hi Elaine!<br><br>OK. I see what you've done with this picture and I think I can reproduce it. I think it will work for my purposes.<br><br>What I was hoping for is illustrated in various ways on the following pages. Maybe it is something to be included in future Chimera releases...<br><br>http://www.poissonboltzmann.org/apbs/examples/visualization/apbs-electrostatics-in-vmd<br>http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.8.6/images/fieldlines.jpg<br>http://www.pymolwiki.org/index.php/Displaying_Biochemical_Properties#Electric_Field_Lines<br><br>Thanks for your awesome work and endless creativity!<br>Darrell<br> <br>Darrell Hurt, Ph.D. <br>Section Head, Computational Biology <br>Bioinformatics and Computational Biosciences Branch (BCBB) <br>OCICB/OSMO/OD/NIAID/NIH <br> <br>31 Center Drive, Room 3B62B, MSC 2135 <br>Bethesda, MD 20892-2135 <br> <br>Office¬† 301-402-0095 <br>Mobile 301-758-3559 <br>http://bioinformatics.niaid.nih.gov (Within NIH) <br>http://exon.niaid.nih.gov (Public) <br> <br>Disclaimer: The information in this e-mail and any of its attachments is confidential and may contain sensitive information. It should not be used by anyone who is not the original intended recipient. If you have received this e-mail in error please inform the sender and delete it from your mailbox or any other storage devices. National Institute of Allergy and Infectious Diseases shall not accept liability for any statements made that are sender's own and not expressly made on behalf of the NIAID by one of its representatives.</font><br> <br>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<font style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">
<b>From</b>: Elaine Meng [mailto:meng@cgl.ucsf.edu] <br><b>Sent</b>: Wednesday, December 12, 2012 03:33 PM<br><b>To</b>: Hurt, Darrell (NIH/NIAID) [E] <br><b>Cc</b>: chimera-users@cgl.ucsf.edu List <chimera-users@cgl.ucsf.edu> <br><b>Subject</b>: Re: [Chimera-users] Electric field lines? <br></font> <br></div>

<div class="BodyFragment">
<font size="2"><div class="PlainText">Hi Darrell!<br>
You could show isosurfaces at multiple levels but for only a single plane of the data... essentially contour lines.  There is a very brief mention of that in the "Planes" section of the Volume Viewer page:<br>
<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/volumeviewer.html#planes">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/volumeviewer.html#planes</a>><br>
<br>
It is somewhat labor-intensive if you want to show a lot of levels, I admit.<br>
<br>
Example image below.  I had also displayed the molecular surface and per-model-clipped it in almost the same plane as the contour lines, but that is an independent part of the setup.  I can send the session to you if that would help.<br>
Best,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
</div></font>
</div>
<DIV>
<IMG SRC="cid:fba60b94-6284-4310-9a29-80159a0daf2e@mail.nih.gov">
</DIV><div class="BodyFragment">
<font size="2"><div class="PlainText"><br>
On Dec 12, 2012, at 12:08 PM, Hurt, Darrell (NIH/NIAID) [E] wrote:<br>
<br>
> Hi Chimera team,<br>
> <br>
> Is it possible to visualize electric field lines in Chimera from, for example, an APBS run? If so, how do I do it? I've scanned through the documentation, but didn't find anything‚Ķ<br>
> <br>
> Thanks,<br>
> Darrell<br>
> <br>
> <br>
> Darrell Hurt, Ph.D.<br>
> Section Head, Computational Biology<br>
> Bioinformatics and Computational Biosciences Branch (BCBB)<br>
> OCICB/OSMO/OD/NIAID/NIH<br>
> <br>
> 31 Center Drive, Room 3B62B, MSC 2135<br>
> Bethesda, MD 20892-2135<br>
> Office  301-402-0095<br>
> Mobile 301-758-3559<br>
> <a href="http://bioinformatics.niaid.nih.gov">http://bioinformatics.niaid.nih.gov</a> (Within NIH)<br>
> <a href="http://exon.niaid.nih.gov">http://exon.niaid.nih.gov</a> (Public)<br>
> <br>
> Disclaimer: The information in this e-mail and any of its attachments is confidential and may contain sensitive information. It should not be used by anyone who is not the original intended recipient. If you have received this e-mail in error please inform the sender and delete it from your mailbox or any other storage devices. National Institute of Allergy and Infectious Diseases shall not accept liability for any statements made that are sender's own and not expressly made on behalf of the NIAID by one of its representatives.<br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> Chimera-users mailing list<br>
> Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
> <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
> <br>
<br>
</div></font>
</div>
</BODY></HTML>