Hi!<br>You understood me perfectly, that is exactly what I wanted to do! Thank you so very much!<br><br>Best regards,<br>Mariam<br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 11 December 2012 21:14, Tom Goddard <span dir="ltr"><<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Mariam,<br>
<br>
  If I understand it, you have a 5-start helix but you just want to place molecule copies for one of the 5 helical strands instead of for all 5.  How about<br>
<br>
  volume #0 originIndex 39,39,38 symmetry h,8.97,-111.86,10<br>
  sym #1 group #0<br>
<br>
The sym command you tried is close, just drop the "c5*", add a ",10" for 10 subunits along the helix, and make sure your map origin index is 39 39 38 (either with the volume dialog Coordinates panel or volume command).  The z index doesn't need to be 38, can be anything since the helix axis is z.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>

<br>
    Tom</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi!<br>
I'm trying to measure the symmetry of an EM density map to fit a pdb to it and make several copies. When I run the commands in the command line:  me sym #0 min 0.89 helix 8.97,-111.86, the result I get is Symmetry EMnew.spi: Helix C5, rise 8.97, angle -111.9, center 39 39 38, n 30.<br>

<br>
The problem is that when I run sym #1 group #0 update true, I get a pentagon base which goes through the whole helix. I just want the measure symmetry to give me Helix, without the C5. What are the commands to achieve this? I tried: sym #1 group c5*h,8.97,-111.86, but it didn't work, and I don't think that's the correct way for me to do it.<br>

<br>
Does anyone know what to do?<br>
<br>
Best regards,<br>
Mariam Shirdel<br>
</blockquote>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>