<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Anton,<br>
      <br>
        The molecular surface calculation (Actions / Surface / show)
      fails much more often with 64-bit Windows Chimera.  The 32-bit
      Windows Chimera fails less often, and Linux and Mac versions fail
      in even fewer cases.  Maybe Chimera 1.5 worked for you because it
      was 32-bit.<br>
      <br>
        Eric's trick of using the Multiscale dialog with resolution 0
      computes the molecular surface for each chain separately.  It
      should give the same result as splitting the molecule into chains
      with the "split" command and then surfacing.<br>
      <br>
          Tom<br>
      <br>
      <br>
      -------- Original Message --------<br>
      Subject: Re: [Chimera-users] surface calculation<br>
      From: Eric Pettersen <br>
      To: Anton Vila Sanjurjo <br>
      Date: 11/29/12 11:14 AM<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:C7A752C0-DCBB-40E4-8ED8-92CAC1A73B9E@cgl.ucsf.edu"
      type="cite">Hi Anton,
      <div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>I'm
        not certain why you don't want to split the chains, but it is
        possible to get Chimera to compute the per-chain surfaces
        without splitting the model.  The simplest way is to use the
        Multiscale Models tool (in the Higher-Order Structure category).
         With that dialog up, click its "Make models" button.  Then in
        the "Select chains" section at the top, click the "All" button.
         Then in the "Resolution" entry field near the center of the
        dialog type "0" (zero) and then click the "Resurface" button
        near that field.  You will get some complaints about
        multiple-component surfaces failing, but since all the
        single-component surfaces work the entire structure will be
        surfaced.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>--Eric</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom:
          0px; margin-left: 0px; font-size: 16px; "><font style="font:
            normal normal normal 16px/normal Helvetica; "
            face="Helvetica" size="5">                        Eric
            Pettersen</font></div>
        <div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom:
          0px; margin-left: 0px; font-size: 16px; "><font style="font:
            normal normal normal 16px/normal Helvetica; "
            face="Helvetica" size="5">                        UCSF
            Computer Graphics Lab</font></div>
        <div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom:
          0px; margin-left: 0px; font-size: 16px; "><font style="font:
            normal normal normal 16px/normal Helvetica; "
            face="Helvetica" size="5">                        <a
              moz-do-not-send="true" href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></div>
      </div>
      <div><br>
        <div>
          <div>On Nov 29, 2012, at 3:00 AM, Anton Vila Sanjurjo wrote:</div>
          <br class="Apple-interchange-newline">
          <blockquote type="cite">Hi,<br>
            <br>
            I have seen posts regarding this problem before. Here is the
            log I got after attempting to render a surface
            representation of the 50S ribosomal subunit (rcsb ID: 3CPW).
            <br>
            <br>
            #0, chain 0: 23S ribosomal rna<br>
            #0, chain 1: L35E<br>
            #0, chain 2: 50S ribosomal protein L44E<br>
            #0, chain 4: 5'-R(*cp*cp*ap*(phe)*(aca))-3'<br>
            #0, chain 9: 5S ribosomal rna<br>
            #0, chain A: 50S ribosomal protein L2P<br>
            #0, chain B: 50S ribosomal protein L3P<br>
            #0, chain C: 50S ribosomal protein L4P<br>
            #0, chain D: 50S ribosomal protein L5P<br>
            #0, chain E: 50S ribosomal protein L6P<br>
            #0, chain F: 50S ribosomal protein L7AE<br>
            #0, chain G: HS6<br>
            #0, chain H: 50S ribosomal protein L10E<br>
            #0, chain I: 50S ribosomal protein L13P<br>
            #0, chain J: HMAL13<br>
            #0, chain K: 50S ribosomal protein L15P<br>
            #0, chain L: 50S ribosomal protein L15E<br>
            #0, chain M: 50S ribosomal protein LC12<br>
            #0, chain N: 50S ribosomal protein L18E<br>
            #0, chain O: 50S ribosomal protein L19E<br>
            #0, chain P: 50S ribosomal protein L21E<br>
            #0, chain Q: HL31<br>
            #0, chain R: 50S ribosomal protein L23P<br>
            #0, chain S: 50S ribosomal protein L24P<br>
            #0, chain T: 50S ribosomal protein L24E<br>
            #0, chain U: HL21/HL22<br>
            #0, chain V: 50S ribosomal protein L30P<br>
            #0, chain W: 50S ribosomal protein L31E<br>
            #0, chain X: 50S ribosomal protein L32E<br>
            #0, chain Y: HL5<br>
            #0, chain Z: 50S ribosomal protein L37E<br>
            C:\Program Files\Chimera 1.7s\bin\mscalc.exe 1.400000
            2.000000 1<br>
            MSMSLIB 1.3 started on Local PC<br>
            Copyright M.F. Sanner (March 2000)<br>
            Compilation flags  <br>
            C:\Program Files\Chimera 1.7s\bin\mscalc.exe 1.400000
            2.000000 0<br>
            MSMSLIB 1.3 started on Local PC<br>
            Copyright M.F. Sanner (March 2000)<br>
            Compilation flags  <br>
            Surface calculation failed, mscalc returned code 5.<br>
            <br>
            Surface calculation frequently fails for large, multi-chain
            structures. The calculation may be successful if the chains
            are treated individually, by using the "split" command
            before generating a surface.  If splitting is not desired or
            the structure is already a single chain, changing molecular
            surface parameters in the Selection Inspector or (before
            surface creation) the New Surfaces category of Preferences
            may allow the calculation to succeed.<br>
            <br>
            C:\Program Files\Chimera 1.7s\bin\mscalc.exe 1.400000
            2.000000 1<br>
            MSMSLIB 1.3 started on Local PC<br>
            Copyright M.F. Sanner (March 2000)<br>
            Compilation flags  <br>
            <br>
            Surface 3CPW.pdb, category ligand, probe radius 1.4, vertex
            density 2<br>
              1 connected surface components<br>
              Total solvent excluded surface area = 989.35<br>
              Total solvent accessible surface area = 1473.85<br>
            <br>
            In this case, I am not interested in splitting the file into
            its individual chains. I have also unsuccessfully played
            with the probe-radius and vertex parameters.  I should
            mention that I was able to get this to work with previous
            versions of Chimera (1.5.something) and that small proteins
            can be successfully rendered with the latest versions. <br>
            <br>
            best,<br>
            <br>
            Antón</blockquote>
        </div>
      </div>
      <div>
        <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate;
          border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family:
          Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant:
          normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal;
          line-height: normal; text-align: auto;
          -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px;
          -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans:
          2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; ">
          <p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><br>
          </p>
        </span>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>