Hi,<br><br>I have seen posts regarding this problem before. Here is the log I got after attempting to render a surface representation of the 50S ribosomal subunit (rcsb ID: 3CPW). <br><br>#0, chain 0: 23S ribosomal rna<br>
#0, chain 1: L35E<br>#0, chain 2: 50S ribosomal protein L44E<br>#0, chain 4: 5'-R(*cp*cp*ap*(phe)*(aca))-3'<br>#0, chain 9: 5S ribosomal rna<br>#0, chain A: 50S ribosomal protein L2P<br>#0, chain B: 50S ribosomal protein L3P<br>
#0, chain C: 50S ribosomal protein L4P<br>#0, chain D: 50S ribosomal protein L5P<br>#0, chain E: 50S ribosomal protein L6P<br>#0, chain F: 50S ribosomal protein L7AE<br>#0, chain G: HS6<br>#0, chain H: 50S ribosomal protein L10E<br>
#0, chain I: 50S ribosomal protein L13P<br>#0, chain J: HMAL13<br>#0, chain K: 50S ribosomal protein L15P<br>#0, chain L: 50S ribosomal protein L15E<br>#0, chain M: 50S ribosomal protein LC12<br>#0, chain N: 50S ribosomal protein L18E<br>
#0, chain O: 50S ribosomal protein L19E<br>#0, chain P: 50S ribosomal protein L21E<br>#0, chain Q: HL31<br>#0, chain R: 50S ribosomal protein L23P<br>#0, chain S: 50S ribosomal protein L24P<br>#0, chain T: 50S ribosomal protein L24E<br>
#0, chain U: HL21/HL22<br>#0, chain V: 50S ribosomal protein L30P<br>#0, chain W: 50S ribosomal protein L31E<br>#0, chain X: 50S ribosomal protein L32E<br>#0, chain Y: HL5<br>#0, chain Z: 50S ribosomal protein L37E<br>C:\Program Files\Chimera 1.7s\bin\mscalc.exe 1.400000 2.000000 1<br>
MSMSLIB 1.3 started on Local PC<br>Copyright M.F. Sanner (March 2000)<br>Compilation flags  <br>C:\Program Files\Chimera 1.7s\bin\mscalc.exe 1.400000 2.000000 0<br>MSMSLIB 1.3 started on Local PC<br>Copyright M.F. Sanner (March 2000)<br>
Compilation flags  <br>Surface calculation failed, mscalc returned code 5.<br><br>Surface calculation frequently fails for large, multi-chain structures. The calculation may be successful if the chains are treated individually, by using the "split" command before generating a surface.  If splitting is not desired or the structure is already a single chain, changing molecular surface parameters in the Selection Inspector or (before surface creation) the New Surfaces category of Preferences may allow the calculation to succeed.<br>
<br>C:\Program Files\Chimera 1.7s\bin\mscalc.exe 1.400000 2.000000 1<br>MSMSLIB 1.3 started on Local PC<br>Copyright M.F. Sanner (March 2000)<br>Compilation flags  <br><br>Surface 3CPW.pdb, category ligand, probe radius 1.4, vertex density 2<br>
  1 connected surface components<br>  Total solvent excluded surface area = 989.35<br>  Total solvent accessible surface area = 1473.85<br><br>In this case, I am not interested in splitting the file into its individual chains. I have also unsuccessfully played with the probe-radius and vertex parameters.  I should mention that I was able to get this to work with previous versions of Chimera (1.5.something) and that small proteins can be successfully rendered with the latest versions. <br>
<br>best,<br><br>Antón<br clear="all"><br>-- <br>
Antón Vila-Sanjurjo, PhD<br>
Marie Curie fellow<br>Grupo QOSBIOS, Dept. Química Fundamental<br>Facultade de Ciencias<br> Universidade de A Coruña (UDC)<br>Campus Zapateira, s/n<br>15.071 - A Coruña - España (Spain).<br><br>tlf: (34) 981-167000 ext:2659<br>
e-mail: <a href="mailto:antonvila.s@gmail.com" target="_blank">antonvila.s@gmail.com</a>
<br>