<div>hi, when i minimize my structure it gives the following error for my pdb file. that prolone residues is missing and about integral charges.</div><div> </div><div>please help me to remove this error</div><div> </div><span lang="EN"><p>
#0, chain D: dna (5'- D(*ap*gp*ap*tp*gp*gp*gp*gp*ap*ap*tp*cp*cp*cp*cp*tp*A P*gp*A)-3')</p><div>
</div><p>#0, chain P: nuclear factor </p></span><p><font size="3" face="Courier New"><font size="3" face="Courier New">ê-B (nf-kb)</font></font></p><div><font size="3" face="Courier New"><font size="3" face="Courier New">
</font></font></div><font size="3" face="Courier New"><font size="3" face="Courier New"><p>Terminii for 1SVC.pdb (#0) chain D determined from SEQRES records</p><div>
</div><p>Terminii for 1SVC.pdb (#0) chain P determined from SEQRES records</p><div>
</div><p>Chain-initial residues that are actual N terminii: DA 1.D</p><div>
</div><p>Chain-initial residues that are not actual N terminii: PRO 43.P</p><div>
</div><p>Chain-final residues that are actual C terminii: DA 19.D</p><div>
</div><p>Chain-final residues that are not actual C terminii: GLU 353.P</p><div>
</div><p>321 hydrogen bonds</p><div>
</div><p>Removing spurious proton from 'C' of GLU 353.P</p><div>
</div><p>Hydrogens added</p><div>
</div><p>No incomplete side chains</p><div>
</div><p>Terminii for 1SVC.pdb (#0) chain D determined from SEQRES records</p><div>
</div><p>Terminii for 1SVC.pdb (#0) chain P determined from SEQRES records</p><div>
</div><p>Chain-initial residues that are actual N terminii: DA 1.D</p><div>
</div><p>Chain-initial residues that are not actual N terminii: PRO 43.P</p><div>
</div><p>Chain-final residues that are actual C terminii: DA 19.D</p><div>
</div><p>Chain-final residues that are not actual C terminii: GLU 353.P</p><div>
</div><p>188 hydrogen bonds</p><div>
</div><p>Removing spurious proton from 'C' of GLU 353.P</p><div>
</div><p>Hydrogens added</p><div>
</div><p>Charge model: AMBER ff99SB</p><div>
</div><p>Total charge for #0: -15.624</p><div>
</div><p>The following residues had non-integral charges:</p><div>
</div><p>   DA 1.D -0.3079</p><div>
</div><p>   DA 19.D -0.6921</p><div>
</div><p>   PRO 43.P 0.376</p><div>
</div><p>1 model(s) had non-integral total charge</p><div>
</div><p>Details in reply log</p><div>

</div><p>Residue #0:43.P (PRO/proline)  is missing atoms H_3 and H_2</p><div>

</div><p>No incomplete side chains</p><div>
</div><p>Terminii for 1SVC.pdb (#0) chain D determined from SEQRES records</p><div>
</div><p>Terminii for 1SVC.pdb (#0) chain P determined from SEQRES records</p><div>
</div><p>Chain-initial residues that are actual N terminii: DA 1.D</p><div>
</div><p>Chain-initial residues that are not actual N terminii: PRO 43.P</p><div>
</div><p>Chain-final residues that are actual C terminii: DA 19.D</p><div>
</div><p>Chain-final residues that are not actual C terminii: GLU 353.P</p><div>
</div><p>188 hydrogen bonds</p><div>
</div><p>Removing spurious proton from 'C' of GLU 353.P</p><div>
</div><p>Hydrogens added</p><div>
</div><p>Charge model: AMBER ff99SB</p><div>
</div><p>Total charge for #0: -15.624</p><div>
</div><p>The following residues had non-integral charges:</p><div>
</div><p>   DA 1.D -0.3079</p><div>
</div><p>   DA 19.D -0.6921</p><div>
</div><p>   PRO 43.P 0.376</p><div>
</div><p>1 model(s) had non-integral total charge</p><div>
</div><p>Details in reply log</p><div>

</div><p>Residue #0:43.P (PRO/proline)  is missing atoms H_2 and H_3</p><p> </p><p>regards</p><p>amna khan</p></font><p></p></font><p></p>