<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi J-F,<br>
      <br>
      I replace the Python local correlation calculation with C++ so it
      is relatively fast now -- tens seconds using two 256 by 256 by 256
      maps with window size 5 pixels.<br>
      <br>
          Tom<br>
      <br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:5081C574.4030104@sonic.net" type="cite">
      <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
        http-equiv="Content-Type">
      Hi J-F,<br>
      <br>
        I added the "vop localCorrelation" command to Chimera that
      computes the correlation between two maps over a moving window of
      size N by N by N voxels.  The result can be used to color surfaces
      or atoms as shown in the attached picture of a zinc transporter
      (3j1z) and 13 Angstrom resolution EM map (EMDB 5450).  To color
      the surface I used<br>
      <br>
          open 3j1z<br>
          molmap #0 13<br>
          open emdbID:5450<br>
          vop localCorrelation #0 #1 windowSize 5 model #2<br>
          scolor #1 volume #2 cmap .8,blue:0.9,white:1,red<br>
          transparency 30 #1<br>
      <br>
      If you leave off the windowSize option to vop localCorr it
      defaults to 5 voxels.  The colored atoms in the picture and the
      color key were made with the Values at Atom Positions dialog (menu
      Tools / Volume Data / Values at Atom Positions) and the Render by
      Attribute dialog (menu Tools / Depiction / Render by Attribute).<br>
      <br>
        The calculation is quite slow because it is being done in
      Python.  It took a minute for the 28 x 32 x 37 simulated map and
      160 x 200 x 160 EM map.  It computes local correlation at the grid
      points of the first map in the vop localCorr command.  It will
      only be a little effort to do the calculation in C++ which will be
      one hundred times faster but I don't think I have time to do that
      today.<br>
      <br>
        The new command will be in tonight's daily build.<br>
      <br>
          Tom<br>
      <br>
      <br>
      -------- Original Message --------<br>
      Subject: Re: [Chimera-users] coloring 3D maps according to local
      cross-correlation fit of docked PDB structures<br>
      From: Jean-Francois Menetret <br>
      To: Tom Goddard <br>
      Date: 10/19/12 8:35 AM<br>
      <blockquote type="cite"><font>Hi Tom,<br>
          <br>
          <font>we <font>would like </font>to<font> color <font>the</font>
              surface representation of ou<font>r molecule with the
                local correlation score between the fitted atomic models
                and the EM<font>-maps<font>; <br>
                    y</font>ou can find an example <font>in <font>f</font>igure</font></font></font></font>S3

            of Hi<font>pp et al. </font></font><font>Nucleic Acids
            Research, 2012, Vol. 40, No. 7 3275–3288</font></font><br>
        <br>
        best wishes<br>
        J-F<br>
        <br>
        <div class="gmail_quote">On Thu, Oct 18, 2012 at 7:37 PM, Tom
          Goddard  wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
            .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
              <div>Hi J-F,<br>
                <br>
                 Do you mean if the correlation of a molecular model
                with a map is 0.9 then color the whole map blue?  Or do
                you want to color just the region of the map near the
                molecule blue.  Or do you wan the map be colored in
                different colors, each representing the local
                correlation of the molecule to the map near the point
                where that color is shown?  If this last case, how would
                you define the "local correlation"?  Probably you would
                want to color the molecule in that case not the map
                since it would give a better view of the whole volume
                rather than just its envelope.<span class="HOEnZb"><font
                    color="#888888"><br>
                    <br>
                        Tom</font></span>
                <div>
                  <div class="h5"><br>
                    <br>
                    <br>
                    -------- Original Message --------<br>
                    Subject: [Chimera-users] coloring 3D maps according
                    to local cross-correlation fit of docked PDB
                    structures<br>
                    From: Jean-Francois Menetret<br>
                    To: <a moz-do-not-send="true"
                      href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu"
                      target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
                    Date: 10/18/12 6:24 AM<br>
                  </div>
                </div>
              </div>
              <div>
                <div class="h5">
                  <blockquote type="cite"><font>Dear users,<br>
                      <font>we would like to </font></font><font><font><font>color

                          a<font> Cryo-EM map according to the c<font>ross-corr<font>elation


                                fit of docked PDB structure<font>s.</font><br>
                                <font>Is that po<font>s<font>sible in
                                      Chimera ?<br>
                                      <font>Best wishes<br>
                                        <font>J-F M<font>enetret</font></font></font></font></font></font></font></font></font></font></font>
                    </font><br>
                  </blockquote>
                  <br>
                </div>
              </div>
            </div>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </blockquote>
      <br>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>