<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi J-F,<br>
      <br>
       Do you mean if the correlation of a molecular model with a map is
      0.9 then color the whole map blue?  Or do you want to color just
      the region of the map near the molecule blue.  Or do you wan the
      map be colored in different colors, each representing the local
      correlation of the molecule to the map near the point where that
      color is shown?  If this last case, how would you define the
      "local correlation"?  Probably you would want to color the
      molecule in that case not the map since it would give a better
      view of the whole volume rather than just its envelope.<br>
      <br>
          Tom<br>
      <br>
      <br>
      -------- Original Message --------<br>
      Subject: [Chimera-users] coloring 3D maps according to local
      cross-correlation fit of docked PDB structures<br>
      From: Jean-Francois Menetret<br>
      To: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
      Date: 10/18/12 6:24 AM<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAD2A4EPKjv6Wt=NVuGh75-u7mw3nz2kdWxAjGaJD3GeqJEOCcw@mail.gmail.com"
      type="cite"><font>Dear users,<br>
        <font>we would like to </font></font><font><font><font>color a<font>
              Cryo-EM map according to the c<font>ross-corr<font>elation
                  fit of docked PDB structure<font>s.</font><br>
                  <font>Is that po<font>s<font>sible in Chimera ?<br>
                        <font>Best wishes<br>
                          <font>J-F M<font>enetret</font></font></font></font></font></font></font></font></font></font></font>
      </font><br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>