<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Jeremiah,<br>
      <br>
      &nbsp; The Chimera Multiscale Models dialog is just using the BIOMT
      (biological unit matrix) records in the PDB file and for a long
      helical virus or filament they usually only include less than 50
      subunits.&nbsp; To make something longer use the Chimera "sym"
      command.&nbsp; For example, I see in tobacco mosaic virus PDB structure
      3j06 in the REMARK 350 BIOMT section it says the rise per subunit
      is 1.41 Angstroms and rotation per subunit is 22.04 degrees.&nbsp; So
      to make 300 subunits I use the sym command with those helical
      parameters as follows.<br>
      <br>
      open 3j06<br>
      sym #0 group h,1.41,22.04,300 surf true<br>
      <br>
      To get atomic models of all the subunits instead of surfaces just
      drop the "surf true" option.&nbsp; But you may run out of memory.<br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;
      <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/sym.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/sym.html</a><br>
      <br>
      &nbsp; Tom<br>
      <br>
      <br>
      <br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:7CF42B29-4696-4D17-A20A-34BA7C788254@northwestern.edu"
      type="cite">Hello,
      <div><br>
      </div>
      <div>I've downloaded the tobacco mosaic virus structure from the
        PDB and used Multiscale Models to build the biological unit.
        &nbsp;Unfortunately, only about 45 or so of the 2200 protein monomers
        show up. &nbsp;Is there a way I can multiply the biological unit to
        elongate the TMV structure? &nbsp;I don't need all 2200 monomers, but
        something a bit longer would be helpful.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanks!</div>
      <div>Jeremiah<br>
        <div>
          <span class="Apple-style-span" style="border-collapse:
            separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica;
            font-style: normal; font-variant: normal; font-weight:
            normal; letter-spacing: normal; line-height: normal;
            orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px;
            text-transform: none; white-space: normal; widows: 2;
            word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px;
            -webkit-border-vertical-spacing: 0px;
            -webkit-text-decorations-in-effect: none;
            -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width:
            0px; font-size: medium; "><br>
            <br>
            Dr. Jeremiah J. Gassensmith<br>
            Stoddart Mechanostereochemistry Group<br>
            Northwestern University<br>
            2145 Sheridan Road<br>
            Evanston, IL 60208-3113<br>
            Phone (W) +1(847)467-5936<br>
            Fax +1(847)491-1009<br>
          </span>
        </div>
        <br>
      </div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>