<div dir="ltr">Hi Elaine,<div><br></div><div><br></div><div>That helped immensely. Thank you</div><div><br></div><div><br></div><div>-Vamsee<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 3, 2012 at 1:36 PM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Vamsee,<br>
You can use the &quot;setattr&quot; command (general command to set attribute values).  It works on lots of things, including pseudobonds and pseudobond groups.<br>
&lt;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/setattr.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/setattr.html</a>&gt;<br>
<br>
The command requires knowing the name of the attribute, its possible values, and whether it is an attribute of an individual pseudobond (&quot;p&quot; in the command) or the whole pseudobond group (&quot;g).<br>
<br>
You can figure out all this stuff by looking in the GUI:  Pseudobond attributes panel or the Selection Inspector, and using its balloon help (pop-up text when you put the mouse cursor over some option):<br>
&lt;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/pbattrib.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/pbattrib.html</a>&gt;<br>
&lt;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/inspection.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/inspection.html</a>&gt;<br>
<br>
A few example commands:<br>
<br>
setattr g lineWidth 3<br>
setattr g lineType 1<br>
setattr p color hot pink<br>
setattr p label &quot; &quot;<br>
<br>
Those would change all pseudobonds, but you can limit the scope by specifying atoms at the end (meaning all pseudobonds with both endpoint atoms specified).<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
On Aug 3, 2012, at 12:15 PM, vamsee wrote:<br>
<br>
&gt; Hello,<br>
&gt; I am trying to script distance measurements (distance monitor) between the Calpha of a residue and a few Hydrogens. I have pretty much everything working except that I am not able to figure out how to change the attributes (color, line style etc..) of the distances (pseudo-bonds). I know it can be changed using the GUI but I would rather script it. Any suggestions?<br>


&gt; Thank you<br>
&gt; Vamsee<br>
&gt;<br>
<br>
</blockquote></div><br></div></div>