<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div><br></div><div>I am trying to script distance measurements (distance monitor) between the Calpha of a residue and a few Hydrogens. I have pretty much everything working except that I am not able to figure out how to change the attributes (color, line style etc..) of the distances (pseudo-bonds). I know it can be changed using the GUI but I would rather script it. Any suggestions? </div>


<div><br></div><div><br></div><div>Thank you</div><div><br></div><div><br></div><div>Vamsee<br><div><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 2, 2012 at 1:00 PM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chimera-users-request@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users-request@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send Chimera-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:chimera-users-request@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users-request@cgl.ucsf.edu</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:chimera-users-owner@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users-owner@cgl.ucsf.edu</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of Chimera-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. combining mrc maps (Daniel Murin)<br>
   2. Re: combining mrc maps (Elaine Meng)<br>
   3. Re: combining mrc maps (Tom Goddard)<br>
   4. double bonds visualization ? (Marek Maly)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Wed, 1 Aug 2012 18:58:53 -0700<br>
From: Daniel Murin &lt;<a href="mailto:cmurin@scripps.edu" target="_blank">cmurin@scripps.edu</a>&gt;<br>
To: &quot;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&quot; &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>
Subject: [Chimera-users] combining mrc maps<br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:83025BE3F3B8D644AA9F8CAA21F2640801A3D700C402@EXCH-CCR01.lj.ad.scripps.edu" target="_blank">83025BE3F3B8D644AA9F8CAA21F2640801A3D700C402@EXCH-CCR01.lj.ad.scripps.edu</a>&gt;<br>
<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;us-ascii&quot;<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
I was wondering if it is possible to combine two mrc volumes into a single volume and save that as a new mrc file? I haven&#39;t really been able to find anything and I suspect that this may not be possible with Chimera.<br>



<br>
Thank you for your help,<br>
<br>
Daniel<br>
<br>
<br>
<br>
Charles Daniel Murin<br>
Graduate Student - Ward/Ollmann-Saphire Labs<br>
Department of Molecular Biology<br>
Kellogg School of Science and Technology<br>
The Scripps Research Institute<br>
10550 North Torrey Pines Road, CB 227<br>
La Jolla, CA 92037<br>
<br>
Work: <a href="tel:858.784.9053" value="+18587849053" target="_blank">858.784.9053</a><br>
Fax: <a href="tel:858.784.8218" value="+18587848218" target="_blank">858.784.8218</a><br>
email: <a href="mailto:cmurin@scripps.edu" target="_blank">cmurin@scripps.edu</a><br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Thu, 2 Aug 2012 10:06:36 -0700<br>
From: Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>
To: Daniel Murin &lt;<a href="mailto:cmurin@scripps.edu" target="_blank">cmurin@scripps.edu</a>&gt;<br>
Cc: &quot;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&quot; &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [Chimera-users] combining mrc maps<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:20D05B2F-142C-4433-B4A3-A8BAB0242919@cgl.ucsf.edu" target="_blank">20D05B2F-142C-4433-B4A3-A8BAB0242919@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=us-ascii<br>
<br>
Hi Daniel,<br>
You can add or subtract maps to make a new map using the &quot;vop&quot; command:<br>
<br>
&lt;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html</a>&gt;<br>
<br>
That command has various other filtering and scaling options that may also be of interest.  You can save the new map to a file using the Volume Viewer dialog (its File menu) or the &quot;volume&quot; command.<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
On Aug 1, 2012, at 6:58 PM, Daniel Murin wrote:<br>
<br>
&gt; Hi,<br>
&gt; I was wondering if it is possible to combine two mrc volumes into a single volume and save that as a new mrc file? I haven&#39;t really been able to find anything and I suspect that this may not be possible with Chimera.<br>



&gt; Thank you for your help,<br>
&gt; Daniel<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Thu, 02 Aug 2012 10:07:18 -0700<br>
From: Tom Goddard &lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>&gt;<br>
To: Daniel Murin &lt;<a href="mailto:cmurin@scripps.edu" target="_blank">cmurin@scripps.edu</a>&gt;<br>
Cc: &quot;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&quot; &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [Chimera-users] combining mrc maps<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:501AB3C6.2050900@sonic.net" target="_blank">501AB3C6.2050900@sonic.net</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
Hi Daniel,<br>
<br>
   Yes, just add the two map with the volume operation command<br>
<br>
     vop add #1,2<br>
<br>
This will extend the grid of map #1 to cover map #2 then interpolate map<br>
#2 on that grid and add it.  You may also want to scale the values of<br>
one map so that the two maps have comparable density ranges using the<br>
&quot;scaleFactors&quot; option.<br>
<br>
<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/vop.html#add" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/vop.html#add</a><br>
<br>
   Tom<br>
<br>
<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; I was wondering if it is possible to combine two mrc volumes into a single volume and save that as a new mrc file? I haven&#39;t really been able to find anything and I suspect that this may not be possible with Chimera.<br>



&gt;<br>
&gt; Thank you for your help,<br>
&gt;<br>
&gt; Daniel<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Charles Daniel Murin<br>
&gt; Graduate Student - Ward/Ollmann-Saphire Labs<br>
&gt; Department of Molecular Biology<br>
&gt; Kellogg School of Science and Technology<br>
&gt; The Scripps Research Institute<br>
&gt; 10550 North Torrey Pines Road, CB 227<br>
&gt; La Jolla, CA 92037<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Thu, 02 Aug 2012 20:00:51 +0200<br>
From: &quot;Marek Maly&quot; &lt;<a href="mailto:marek.maly@ujep.cz" target="_blank">marek.maly@ujep.cz</a>&gt;<br>
To: <a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
Subject: [Chimera-users] double bonds visualization ?<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:op.wifdnpi4lc8gdf@pocitadlon.ujep.cz" target="_blank">op.wifdnpi4lc8gdf@pocitadlon.ujep.cz</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=iso-8859-2; format=flowed; delsp=yes<br>
<br>
Hello,<br>
<br>
I am just curious if it is possible to visualize double bonds<br>
as double bonds now similarly like in case of rings one<br>
can visualize them nicely (aromatic ring/disc).<br>
<br>
   Thanks for the info in advance,<br>
<br>
       Best wishes,<br>
<br>
             Marek<br>
<br>
<br>
--<br>
Tato zpr?va byla vytvo?ena p?evratn?m po?tovn?m klientem Opery:<br>
<a href="http://www.opera.com/mail/" target="_blank">http://www.opera.com/mail/</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
<br>
End of Chimera-users Digest, Vol 112, Issue 2<br>
*********************************************<br>
</blockquote></div><br></div></div></div>