<font size="4">Dear Dr. Elaine,<br><br>          The last few lines of the file are as follows:<br>ATOM   1212  OXT GLN    76      17.333  31.515  17.211  1.00  0.00           O  <br>TER   <br>ATOM   1213  CO  CAL    77      35.029  27.971  38.126  1.00  0.00           C<br>
TER   <br>ATOM   1214  CO  CAL    78      37.868  20.307  30.270  1.00  0.00           C<br>TER   <br><br> I also tried with Ca instead of C in the last column , but no improvement.<br><br>Thank you for help,<br>Mahendra Thapa</font><br>
University of Cincinnati<br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 30, 2012 at 12:34 PM, Thapa, Mahendra (thapamb) <span dir="ltr"><<a href="mailto:thapamb@mail.uc.edu" target="_blank">thapamb@mail.uc.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
<br>
<br>
________________________________________<br>
From: Elaine Meng<br>
Sent: Monday, July 30, 2012 10:34:51 AM (UTC-06:00) Central America<br>
To: Thapa, Mahendra (thapamb)<br>
Cc: <a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
Subject: Re: [Chimera-users] problem in visualising metal- atoms in simulated<br>
<br>
Hi Mahendra,<br>
Probably the format is slightly wrong for the lines with the calcium ion coordinates. For example, the name CA for the calcium ion should *not* line up with the name CA in the protein alpha-carbon lines.<br>
<br>
In the ATOM and HETATM lines of PDB files,<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/pdbintro.html#coords" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/pdbintro.html#coords</a>><br>
<br>
...the ion name CA should be in columns 13-14, whereas the alpha-carbon name CA should be in columns 14-15.<br>
<br>
 Misalignment of ion names is a common problem with the output of many programs.<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/pdbintro.html#misalignment" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/pdbintro.html#misalignment</a>><br>
<br>
Best,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Jul 30, 2012, at 9:21 AM, Mahendra B Thapa wrote:<br>
<br>
> Dear Chimera Users,<br>
>           I converted amber-12 generated rst-file in netCDF format [ test_equil.rst ] to the pdb format [ test_equil_rst.pdb] by using the  cpptraj command of amber 12. When I loaded it in chimera, the protein structure looks fine but two calcium atoms that the protein binds  could not be visualised, although the pdb file-format looks good.<br>

>           Let me help in this respect.<br>
<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br>