<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Before you go off on a total wild goose chase, I am not aware of any way in which changing the Amber .dat files would affect PDB2PQR, the input for which is a regular PDB file.<div><br></div><div>--Eric</div><div><br></div><div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 16px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">                        Eric Pettersen</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 16px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">                        UCSF Computer Graphics Lab</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 16px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">                        <a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></div></div><div><br><div><div>On Jul 30, 2012, at 10:41 AM, Conrad Huang wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>If you plan to play with Amber stuff, you should be using our daily builds (<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html#daily">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html#daily</a>), which has several bug fixes missing from 1.6.<br><br>In the daily builds, are in $CHIMERA/bin/amber12/dat/leap/parm.  On Linux and Windows, $CHIMERA is the installation directory/folder for Chimera.  On Mac, $CHIMERA is Chimera.app/Contents/Resources.<br><br>Conrad<br><br>On 7/28/12 5:37 PM, Nikolay Igorovich Rodionov wrote:<br><blockquote type="cite">Hi, since I am able to implement various force fields, does that mean<br></blockquote><blockquote type="cite">that I have the .dat files of those ff buried somewhere in my chimera<br></blockquote><blockquote type="cite">directory?<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">I want to add my custom ff parameters to PDB2PQR so I need to locate the<br></blockquote><blockquote type="cite">.dat files of force fields like Amber12 and Amber99SB.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Thank you,<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Nikolay Rodionov<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">_______________________________________________<br></blockquote><blockquote type="cite">Chimera-users mailing list<br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></div></blockquote></div><br></div><br><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space"> </span></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
<br></body></html>