<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Rakesh,<br>
      <br>
        Chimera is not able to compute the local resolution of an EM
      map.  Giovanni Cardone at the NIH has made a Chimera plug-in that
      does this and he talked about it at the 2011 3DEM Gordon
      conference.  I don't know whether he ever distributed it.  You
      should ask him.<br>
      <br>
        Also Chimera does not have any method for computing local
      cross-correlation between a PDB model and a map.  That would be
      nice.  Is there a journal article evaluating a specific method for
      doing that?<br>
      <br>
        For your Chimera internet connection problem it would help to
      know what Chimera web service you are trying to use.  Are you
      fetching a PDB model?  building a homology model?  running BLAST? 
      getting Uniprot annotations?  Chimera has lots of web services<br>
      <br>
      <br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAEYPXnbK6T7naghmrM+h6O=Lgwx50rvk-wqTO6LcjMr=w3iYBA@mail.gmail.com"
      type="cite">Hi,<br>
      <br>
          I want to know how to color the cryoem map according to the
      local resolution and also according to the local cross correlation
      of the pdb structure with the map.<br>
      <br>
         Moreover I am unable to connect to the internet in chimera
      inspite of providing the proxy address and port, how should I give
      the user name and password for authentication to connect inside
      chimera since I get authentication error.<br>
      <br>
      Regards<br>
      Rakesh<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On 7 July 2012 03:48, Tom Goddard <span
          dir="ltr"><<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>></span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
          <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
            <div>You can choose a map contour so it encloses the
              expected number of cubic Angstroms as described here:<br>
              <br>
                 
              <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/tutorials/eman07/chimera-eman-2007.html#part2"
                target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/tutorials/eman07/chimera-eman-2007.html#part2</a><span
                class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
                  <br>
                    Tom<br>
                  <br>
                </font></span></div>
            <div>
              <div class="h5">
                <blockquote type="cite">Hello,<br>
                  <br>
                       My name is Rakesh. I would like to know how to
                  set the density threshold according to the molecular
                  mass of the protein in the cryoem map. I would also
                  like to know how to calculate the molecular mass of a
                  particular segment after segmentation in cryoem map.<br>
                  <br>
                  <pre style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><font>Regards
Rakesh Ramachandran
PhD Student
Molecular Biophysics Unit,
Indian Institute of Science,
Bangalore - 560012
India</font>
</pre>
                </blockquote>
                <br>
              </div>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>