<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Tom,<div><br></div><div>Many thanks for this. Much appreciated.</div><div><br></div><div>Thanks also to Elaine for her suggestions.</div><div><br></div><div>Have a good weekend</div><div><br></div><div>George</div><div><br><div><div>On Jul 6, 2012, at 6:41 PM, Tom Goddard wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">
  
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi George,<br>
      <br>
        You might want to use the "molmap" command to create a Gaussian
      surface instead of a solvent excluded surface.  For example if
      _clusters.pdb is model #2 and you want a 5 Angstrom resolution
      surface use:<br>
      <br>
          molmap #2 5<br>
      <br>
      This never fails.  It sums a Gaussian centered at each atom and
      computes a contour surface.<br>
      <br>
          Tom<br>
      <br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:1C554707-6D4B-4E23-891D-E81F25C46D97@me.com" type="cite">
      <pre wrap="">Hi everybody,

I'm using SiteComp to detect differences in binding affinities between two similar structures. The _clusters.pdb file produced by SiteComp is a standard PDB file in which the grid points corresponding to the difference clusters are represented by hydrogen atoms. They can be treated as any molecule in Chimera.

Usually I find it useful to represent them as a mesh surface. Usually, I load in Chimera the protein.pdb, the ligand.pdb and the _clusters.pdb. After this, I select the _clusters.pdb and show it as mesh or solid using Actions-> Surface. In some cases, I fail to render the surface, or to be precise only one part of the clusters is rendered.

I understand that this is a frequent problem with this type of discontinuous pdb. I'm attaching one such file and I would be grateful for any help

Best regards

George



</pre>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
  </div>

</blockquote></div><br></div></body></html>