Hi Elaine,<br><br>just worked fine. I guess I used an too old built version for which intersurf surface weren't behaving as standard surface.<br><br>thank you very much.<br>jd<br><br clear="all"><div>****************************</div>
<div>Dr. Jean-Didier Maréchal</div><div>Lecturer</div><div>The Computational Biotechnological Chemistry Team</div><div>Unitat de Química Física</div><div>Departament de Química</div><div>Universitat Autònoma de Barcelona</div>
<div>Edifici C.n.</div><div>08193 Cerdanyola (Barcelona)</div><div>Tel: +34.935814936</div><div>e-mail: <a href="mailto:JeanDidier.Marechal@uab.es" target="_blank">JeanDidier.Marechal@uab.es</a></div><div>www: <a href="http://asklipio.qf.uab.es" target="_blank">http://asklipio.qf.uab.es</a></div>
<br>
<br><br><div class="gmail_quote">2012/6/5 Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi JD,<br>
You can use the menu: Actions... Surface... transparency...[%value]<br>
<br>
or the "surftransparency" command, where the intersurf surface can be specified by model number (#N) or by selecting it with Ctrl-click and using the word "sel":<br>
<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/surftransparency.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/surftransparency.html</a>><br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#othermodels" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#othermodels</a>><br>
<br>
Also, in Chimera version 1.7 (fairly recent daily build), there is a "transparency" command that can be used on not just surfaces but other items (atoms, ribbons, etc.):<br>
<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/transparency.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/transparency.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
<br>
On Jun 5, 2012, at 12:44 PM, Jean-Didier Maréchal wrote:<br>
<br>
> Hi guys,<br>
> is there a way to change the transparency of intersurf objects? I'd like to have the surface not hiden all the object in behing one given view.<br>
> thanks a lot,<br>
> cheers<br>
> jd<br>
<br>
</blockquote></div><br>