<div>Hi, Elaine:</div>
<div> </div>
<div>Thanks for your kind reply that is very informative.</div>
<div> </div>
<div>Eventually, I found the solution to mapping the epitopes to reference/merged protein which is combined by text editor. Please see the enclosed results analysed by "Blast 2 seqs" (HTY_HA_B2Seq).</div><font>
<p>I spent a couple of days to study the docs of "Chimera". Finally , I came out of the command lines to map epitops to protein structure:</p>
<p>open 3LZG<br>split #0<br>preset apply int 3<br>col magenta r #0.1:322-330<br>col magenta #0.2:1-11<br>=========================</p>
<div></div></font>However, I found a very unexpected region which is colored by the epitope segment. See the "red question marks" in the PPT file (HTY_HA_Chimera.pdf)<br>
<div>Thanks again,</div>
<div>Hsih-Te<br></div>
<div class="gmail_quote">On Wed, Apr 4, 2012 at 2:19 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT:1ex;MARGIN:0px 0px 0px 0.8ex;BORDER-LEFT:#ccc 1px solid">Hi Hsih-Te,<br>Welcome to Chimera!<br><br>Can you explain more about what you want to do?  Are the chains in two different PDB files or in the same PDB file, and why do you want a single chain in Multalign Viewer?  Did you just want one chain stuck on the end of the other, or mixed together somehow?<br>
<br>You may be able to do what you want without merging any chains.  You can just show the sequence of each chain in a separate window (Favorites.. Sequence), and both of those will automatically interact with your structure: if you highlight some residues in the sequence window, the corresponding part of your structure will be selected and vice versa.<br>
<br>If you really need a merged single chain, the details depend on what you have to start with.  Multalign Viewer editing does not allow merging chains directly, so you might have to do text-editing manually (in your favorite text editor outside of Chimera).<br>
<br>Elaine<br>-----<br>Elaine C. Meng, Ph.D.<br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br>
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br>On Apr 3, 2012, at 9:10 AM, Hsih-Te Yang wrote:<br><br>> Dear all:<br>> I am a new beginner of Chemira software package.<br>> By using "Multalign Viewer", I would like to merge the protein sequences of two different chains (200~300 a.a.). After that, I want to map some epitopes (8 ~ 20 a.a.) to this merged sequence.<br>
> How can I do? Thanks for any kind help further.<br>> Hsih-Te<br><br></div></div></blockquote></div><br>