Elaine and Eric, I greatly appreciate your assistance on my problem! This is one of the few times in my life that I feel misfortunate for using Linux. I am looking forward for the new daily build!<br><br>cheers,<br>Thomas<br>
<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On 4 April 2012 21:06, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Oh, I thought Thomas meant he wanted to use more atoms than CA.  If not, and CA-CA only values are OK (the main issue was doing the calculation for different chains than used for superposition), what Eric suggests is much simpler.<br>

<font color="#888888">Elaine<br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
On Apr 4, 2012, at 11:00 AM, Eric Pettersen wrote:<br>
<br>
> In addition to the methods Elaine describes, you could alternatively do the following.<br>
><br>
> 1) match the B chains<br>
> 2) open the Sequence tool for one of the A chains<br>
> 3) use the Structure->Associations menu item to also associate the other chain A with the sequence<br>
> 4) show the RMSD header<br>
> 5) proceed as Elaine described in yesterday's mail<br>
><br>
> Note that in order to do this you will have to download the 1.7 daily build since a bug got fixed yesterday that prevented RMSD attributes from being assigned when only a single sequence is shown in an "alignment".  Also, I hope you aren't using Linux since the daily build didn't successfully build last night for Linux, so you would have to wait until tomorrow's build for a Linux version...<br>

><br>
> --Eric<br>
><br>
>                         Eric Pettersen<br>
>                         UCSF Computer Graphics Lab<br>
>                         <a href="http://www.cgl.ucsf.edu" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>


        
        
        
        

<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">======================================================================</p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">Thomas Evangelidis</p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">PhD student</p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">Biomedical Research
Foundation, Academy of Athens</p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">4 Soranou Ephessiou , 115 27
Athens, Greece<br><br>email: <a href="mailto:tevang@bioacademy.gr" target="_blank">tevang@bioacademy.gr</a></p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">            <a href="mailto:tevang3@gmail.com" target="_blank">tevang3@gmail.com</a></p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><br>website:
<a href="https://sites.google.com/site/thomasevangelidishomepage/" target="_blank">https://sites.google.com/site/thomasevangelidishomepage/</a></p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><br>
</p>
<br>