Hi Elaine,<br><br>Thank you. <br><br>I wanted to ask about choosing an optimal threshold level of the volume data (the experimental map) instead of which i wrote as resolution of the volume data. I admit that i have not mentioned it clearly in the previous mail. <br>
<br>I tried to fit a structure on to a map and i found that the correlation value, Avg and Inside in the fit-list changes depending up on the threshold level of the volume data i chose. So i am not getting how to choose a correct threshold value of the volume data. <br>
<br>Cheers,<br>Bala<br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 7, 2012 at 7:01 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Bala,<br>
Since you can't control the resolution of the experimental density map, I'm guessing you mean what resolution value to use for the map simulated from the atoms that are being fit into the map (simulating a second map allows scoring the fit by map-map correlation).<br>

<br>
I believe you would want to use the same or similar value to the experimental map's resolution.  In turn, that value should be available from the database where you got the map and/or the publication describing the map (or if not publicly available, the scientists who did the experiment).<br>

<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
On Mar 7, 2012, at 3:22 AM, Bala subramanian wrote:<br>
<br>
> Friends,<br>
><br>
> I am a newbie to fitting molecular structures on a volume map. I would appreciate if someone could suggest me some guidelines to choose an optimal resolution of the map before fitting.<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Bala<br>
><br>
> --<br>
> C. Balasubramanian<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>C. Balasubramanian<br><br>