<font color='black' size='2' face='Arial, Helvetica, sans-serif'><font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">

<div> Hi Brad,  <br>
<br>
I am cc'ing this to the chimera list. <br>
<br>
I think that you should write a python script to run DOCK prep on the command line.  See the following:<br>
<br>
http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-dev/2011/000784.html<br>
<br>
For other example scripts see the following:<br>
<br>
http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2009-February/003539.html<br>

</div>



<div> <br>
<font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">You should not have to specify the AMBERHOME path.  This is done internally to chimera.</font><br>
<br>
<font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">as an aside, It is unnecessary to run antichamber with sudo.</font><br>
<br>
I hope this helps,<br>
<br>

</div>



<div style="clear:both">Trent E. Balius<br>

Graduate Student, Rizzo Group,<br>

Department of Applied Mathematics and Statistics,<br>

Stony Brook University.<br>

Office: Math Tower 3-129, Phone: (631) 632-8519<br>

<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">URL: 
http://www.ams.sunysb.edu/~tbalius/</font></font><br>

</div>



<div> <br>

</div>



<div> <br>

</div>



<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>

From: Brad Ridder <clustro@gmail.com><br>

To: dock-fans <dock-fans@docking.org><br>

Sent: Wed, Feb 29, 2012 4:38 pm<br>

Subject: [Dock-fans] Help with antechamber<br>

<br>









<div id="AOLMsgPart_2_1c4e3427-f902-454b-9f63-f8ebd3e0ae7a">

<font size="4"><font face="verdana,sans-serif">Hi Dockfans,<br>

<br>

My name is Brad; I am a grad student in the dept. of chemical engineering at Purdue University.<br>

<br>

We are experimenting with DOCK for various drug discovery work. At the moment, I am trying to do execute all of the "dock prep" commands through the Terminal, since it is not practical to do large volumes of Dock Prep by hand through the CHIMERA GUI.<br>


<br>

Corresponding to what is in the DOCK tutorial, I am on "Receptor and Ligand Preparation." I got reduce to work, in order to add hydrogens.<br>

<br>

Now, I am trying to get antechamber to work, in order to add the charges, but it is not working. Here is the command I am running:<br>


<br>

<b><span style="font-family:courier new,monospace">sudo ./antechamber -i $DESKTOP/3GLR.pdb -fi pdb -o $DESKTOP/3GLRcharged.mol2 -fo mol2</span></b><br>

<br>

Which returns the error:<br>

<b><br style="font-family:courier new,monospace">
<span style="font-family:courier new,monospace">Warning: $AMBERHOME and $DOCK_HOME enviornment strings are not set, use "mopac.sh" in the work directory</span><br style="font-family:courier new,monospace"><br style="font-family:courier new,monospace">
<span style="font-family:courier new,monospace">Cannot open CONNECT.TPL , exit</span><br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace">The atom number exceeds the MAXATOM, reallocate memory</span></b><br>


<br>

I looked around in the dock6 directory, and found a folder called "parameters/antechamber", which contains CONNECT.TPL. I figured this is what should be the $AMBERHOME directory.<br>

For DOCK_HOME, I figured it should be the dock6 folder.<br>


<br>

Here is what I have in my .bash_profile file in my home folder.<br>

<br>

<b style="font-family:courier new,monospace">export AMBERHOME='/home/.../DOCK6.5/dock6/parameters/antechamber'<br>

export DOCK_HOME='/home/.../DOCK6.5/dock6'</b><br>


<br>

I also tried using the "amber11" folder that comes with CHIMERA as AMBERHOME, but to no effect.<br>

<br>

I don't actually have AMBER installed on my computer, but since CHIMERA can add charges without actually requiring the purchase of AMBER, I do not think that is the problem.<br>


<br>

I did not know what to do with "mopac.sh." I ran the script, but it says it needs input files.<br>

<br>

What am I doing wrong that is preventing antechamber from executing correctly?<br clear="all"></font></font><br>


-- <br>

Bradley James Ridder<br>

Chakrabarti Group<br>

Graduate Student<br>

School of Chemical Engineering<br>

Purdue University<br>

<br>

<br>



</div>

 <!-- end of AOLMsgPart_2_1c4e3427-f902-454b-9f63-f8ebd3e0ae7a -->



<div id="AOLMsgPart_3_1c4e3427-f902-454b-9f63-f8ebd3e0ae7a" style="margin: 0px;font-family: Tahoma, Verdana, Arial, Sans-Serif;font-size: 12px;color: #000;background-color: #fff;">

<pre style="font-size: 9pt;"><tt>_______________________________________________
Dock-fans mailing list
<a __removedlink__664924433__href="mailto:Dock-fans@docking.org">Dock-fans@docking.org</a>
<a __removedlink__664924433__href="http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans" target="_blank">http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans</a>
</tt></pre>
</div>

 <!-- end of AOLMsgPart_3_1c4e3427-f902-454b-9f63-f8ebd3e0ae7a -->



</div>

</font></font>