Thanks for this information but when i try to find the distance between GLU101 and ARG 165, with this command distance : 101@ca :165@ca,<br>then its select GLY101 and SER 165 and showing the distance.How can i select specific atom.please help me.<br>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 9, 2012 at 10:30 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Bishwajit,<br>
There are usually several ways to do the same thing. If you use the Find Clashes/Contacts or FindHBond tools mentioned in previous messages, they can report the distances to a file or the Reply Log. Or, you can pick two atoms from the screen and then measure distance, as in this tutorial,<br>

<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/squalene.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/squalene.html</a>><br>
<br>
...or use the "Distances" tool or the "distance" command<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/structuremeas/structuremeas.html#distances" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/structuremeas/structuremeas.html#distances</a>><br>

<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/distance.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/distance.html</a>><br>
<br>
... how to specify atoms in commands (example: distance :144@ca :188@ca)<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/frameatom_spec.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/frameatom_spec.html</a>><br>
<br>
You should try the tutorials and use the Help in Chimera before sending questions to this list.  You can search for topics of interest from the Chimera menu, "Help... Search Documentation" -- for example, search for "distance"<br>

Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
On Feb 9, 2012, at 6:30 AM, Bishwajit Das wrote:<br>
<br>
> suppose i want so select ARG 188 and TRP 144 and also want to see the distance between them ....how i do this in chimera..please help me.<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><span style="font-family:courier new,monospace;color:rgb(51,51,51)">BISHWAJIT DAS<br>KOLKATA,West Bengal<br>INDIA</span><b style="font-family:courier new,monospace"><span style="color:rgb(102,51,0)"><br>
</span></b><br style="font-family:verdana,sans-serif"><br>