
<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div></div><div><br><div><div>On Feb 6, 2012, at 10:51 AM, Ahir Pushpanath wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hello there, I have a question regarding MODELLER in Chimera and the ability of chimera to adjust the model using some inbuilt features quickly(i.e. automatically, instead of interactively)<br><br>Firstly, I am trying to model the "holo" form of an enzyme with known apo-form structure. I did this usinig the two independent domains of the apo form as a template (in a bid to get the domains accurate) and for the holo-form closure I used a very similar homologue that has been solved in the holo form. The results were good and I got a decent model that had closed up like the homolog.<br> <br>However, I noticed that in the model a lot of the sidechains have not been modelled with the right rotamer. This is odd, as I gave it the two independent domains as a template, so it had all the information it needed to get that perfectly right.<br> <br>Either way, this means, I need to manually "copy" the rotamers from the apo form onto the "holo model", which is time consuming. I know from the homolog that only two or three residues in the active site change rotamer upon apo-holo conformational change. So, I just want an easy way to edit the rotamers in the holo-model to copy the rotamers of the apo-form for all residues.<br> <br>Is there an easy way to do this, is it possible to this with a script? I have no idea how to script, mind you!<br><br>Ahir<br> _______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div><div apple-content-edited="true"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br class="Apple-interchange-newline"></div> </div><br></body></html>