Dear Dr. Elaine, <div><br></div><div><br></div><div>Thank you very much for prompt reply and consideration of my request. I received the all tutorial / manual which you have through link. </div><div><br></div><div>Yours sincerely, </div>

<div><br></div><div>Vivek Keshri <div><br></div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 31, 2012 at 12:16 AM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Dear Vivek,<br>
In general, you could use the FindHBond and Find Clashes/Contacts tools (or their command equivalents).<br>
<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/findhbond/findhbond.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/findhbond/findhbond.html</a>><br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/findclash/findclash.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/findclash/findclash.html</a>><br>
<br>
For example, see this tutorial:<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/squalene.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/squalene.html</a>><br>
<br>
There are several additional tutorials that may be useful for learning how to use Chimera:<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/Outreach/Tutorials/GettingStarted.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/Outreach/Tutorials/GettingStarted.html</a>><br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/frametut.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/frametut.html</a>><br>
<br>
Best,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Jan 30, 2012, at 2:01 AM, Vivek Keshri wrote:<br>
<br>
> Dear Sir / Madam,<br>
><br>
> I Vivek Keshri writing from Uttar Pradesh India, I am opening docked PDB file in Chimera 1.5.3 and want to identify all residue of receptor and ligand which are involved in binding.<br>
><br>
> Waiting for favorable response...<br>
><br>
> Yours Sincerely,<br>
><br>
> Vivek Keshri<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>