
<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi,<div><br></div><div>I get a minimisation error - Atom type "Br" is not supported by MMTK - when trying to minimise a PDB that contains a bromonaphthalene covalently bound ligand. </div><div><br></div><div>I have read the post by <a href="mailto:chimera-users%40cgl.ucsf.edu?Subject=Re:%20%5BChimera-users%5D%20minimization%20error&In-Reply-To=%3CCANgD7bEi-xXuz%3Dc--MtP-O1-o1ifO8MDeaz89OkTb-JHsSBYbg%40mail.gmail.com%3E" title="[Chimera-users] minimization error" style="font-family: Times; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); font-size: medium; ">neelagiri.d at gmail.com </a> and note the Cl substitution does make this work but my Br is part of the molecule and so GAFF/Antechamber should be able to handle it I thought?</div><div><br></div><div>Really appreciate any help.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Kyle</div></body></html>