<html>
  <head>

  </head>
  <body style="line-height: normal; margin-left: 4px; margin-right: 4px; margin-bottom: 1px; margin-top: 4px; font-variant: normal">
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">Dear support,</font>    </p>
<br>      
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">I am actually using Chimera as a GUI for modeller and I came across this nice video tutorial (</font><font size="3" face="Monaco" color="#0000ff"><i><u><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/chimera/videodoc/Modeller/)">http://plato.cgl.ucsf.edu/chimera/videodoc/Modeller/)</a></u></i></font><font face="Monaco" size="3"> but I keep getting some bugs at different stages as follow:</font>    </p>
<br>      
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">1- When I am trying to fetch ID via UniProt, I get the following bug:</font>    </p>
<br>      
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3"><class 'urllib2.HTTPError'> Exception in Tk callback</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  Function: <function command at 0x10a113848> (type: <type 'function'>)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  Args: ()</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">Traceback (innermost last):</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/site-packages/Pmw/Pmw_1_3/lib/PmwBase.py", line 1747, in __call__</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    return apply(self.func, args)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/baseDialog.py", line 449, in command</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    getattr(s, buttonFuncName(txt))()</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/baseDialog.py", line 700, in OK</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    self.Apply()</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/fetch.py", line 210, in Apply</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    func(code, **kw)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/SeqAnnotations/ChimeraExtension.py", line 27, in showUniprotSeq</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    self.module().showUniprotSeq(ident)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/SeqAnnotations/__init__.py", line 291, in showUniprotSeq</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    acc = mapUniprotNameID(ident)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/SeqAnnotations/__init__.py", line 61, in mapUniprotNameID</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    response = urllib2.urlopen(request)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/urllib2.py", line 126, in urlopen</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    return _opener.open(url, data, timeout)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/urllib2.py", line 400, in open</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    response = meth(req, response)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/urllib2.py", line 513, in http_response</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    'http', request, response, code, msg, hdrs)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/urllib2.py", line 438, in error</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    return self._call_chain(*args)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/urllib2.py", line 372, in _call_chain</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    result = func(*args)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/urllib2.py", line 521, in http_error_default</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    raise HTTPError(req.get_full_url(), code, msg, hdrs, fp)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3"><class 'urllib2.HTTPError'>: HTTP Error 407: Proxy Authentication Required</font>    </p>
<br>      
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">HTTPError: HTTP Error 407: Proxy Authentication Required</font>    </p>
<br>      
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/urllib2.py", line 521, in http_error_default</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    raise HTTPError(req.get_full_url(), code, msg, hdrs, fp)</font>    </p>
<br>      
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">See reply log for Python traceback.</font>    </p>
<br>      <br>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">2- I tried to avoid the former step by downloading the sequence file (FASTA) and read it in chimera. But even when I tried Tools -->sequence --> PDB/Uniprot --> tools--> Blast Protein it took ages and it gives me this message:</font>    </p>
<br>      
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">Blast web server appear to be down and that is the reply log:</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">Traceback from web service request:</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">Traceback (most recent call last):</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/WebServices/opal_client.py", line 31, in __init__</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    self._setup(serviceName, opalURL, sessionData)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/WebServices/opal_client.py", line 84, in _setup</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    resp = self.appServicePort.getAppMetadata(req)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/WebServices/AppService_client.py", line 40, in getAppMetadata</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    response = self.binding.Receive(getAppMetadataResponse.typecode)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/site-packages/ZSI/client.py", line 531, in Receive</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    self.ReceiveSOAP(**kw)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/site-packages/ZSI/client.py", line 416, in ReceiveSOAP</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    'Response is "%s", not "text/xml"' % self.reply_headers.type)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">TypeError: Response is "text/html", not "text/xml"</font>    </p>
<br>      
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">Typically, if you get a TypeError, it's a problem on the remote server</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">and it should be fixed shortly.  If you get a different error or</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">get TypeError consistently for more than a day, please report the</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">problem using the Report a Bug... entry in the Help menu.  Please</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">include the traceback printed above as part of the problem description.</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">Traceback from Blast request:</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">Traceback (most recent call last):</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/blastpdb/Parser.py", line 519, in _initBlast</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    self.opal = OpalService(service)</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">  File "/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/WebServices/opal_client.py", line 43, in __init__</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">    raise NonChimeraError("Web service appears "</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">NonChimeraError: Web service appears to be down.  See Reply Log for more details.</font>    </p>
<br>      
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">Typically, if you get a TypeError, it's a problem on the remote server</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">and it should be fixed shortly.  If you get a different error or</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">get TypeError consistently for more than a day, please report the</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">problem using the Report a Bug... entry in the Help menu.  Please</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">include the traceback printed above as part of the problem description.</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">Blast web service appears to be down.  See Reply Log for more details.</font>    </p>
<br>      <br>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">Any help on this matter would be appreciated</font>    </p>
<br>      
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">Best wishes</font>    </p>
    <p style="margin-top: 0; margin-bottom: 0">
      <font face="Monaco" size="3">Mahmoud</font>    </p>
<br>        <font face="Monaco" STYLE="font-size: 12pt"><br>************************************ <BR>Mahmoud E. Soliman  <BR>B.Pharm, M.Pharm, MPhil/PhD (Bath, UK) <BR>Senior Lecturer - Pharmaceutical Chemistry <BR>School of Pharmacy and Pharmacology <BR>Faculty of Health Science <BR>University of KwaZulu Natal <BR>Westville Campus <BR>Private Bag X54001 <BR>Durban  <BR>4000 <BR>South Africa <BR>Tel.  0312607413 <BR>*********************************** <BR>Mahmoud E.  Soliman (PhD) <BR>Computational Chemistry & Modeling <BR>Department of Chemistry <BR>University of Bath <BR>Bath <BR>BA2 7AY <BR>United Kingdom <BR><a href="http://people.bath.ac.uk/mess20/ ">http://people.bath.ac.uk/mess20/ </a><BR><a href="http://www.bath.ac.uk/person/812559 ">http://www.bath.ac.uk/person/812559 </a><BR> <BR>********************************** <BR><br><br></font><BR>

    <p align="center">
      <font face="SansSerif">Please find our Email Disclaimer here-->: </font><u><a href="http://www.ukzn.ac.za/disclaimer/"><font color="#0000ff">http://www.ukzn.ac.za/disclaimer</font></a></u>
    </p>
  </BODY></HTML>