Thank you very much!!<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 20, 2011 at 5:27 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid" class="gmail_quote">
Hi Divya,<br>
Actually freezing does not help, since that atom would still be included in energy calculations and exert forces on other atoms.   I'm guessing it is an ion and not part of a molecule, because I believe GAFF/Antechamber can handle Br that is part of a small organic molecule.  Your choices are to remove the Br ion from your structure, or to change it to Cl (chloride) either by text-editing the input file or doing it in Chimera, for example with commands:<br>

<br>
sel Br<br>
setattr a element 17 sel<br>
<br>
Although it won't solve this particular problem, for your future reference, the instructions for the "minimize" command including how to freeze are here:<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/minimize.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/minimize.html</a>><br>
<br>
... or could be shown by entering the command:<br>
help minimize<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Dec 20, 2011, at 1:37 PM, divya neelagiri wrote:<br>
<br>
><br>
> Hello,<br>
> When I tried to minimize a molecule I got this error.<br>
><br>
> Atom type Br is not supported ny MMTK. In the previous posts I read that we have to freeze that atom. Can you please tell me how do we do that from the command line.<br>
><br>
> Thank you,<br>
> Divya<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br>