<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Oops, should be 4500 pixels.  The area Chimera is the for a flat 3d
    surface that is closed (ie has 2 sides) so the 9000 represents area
    of both top and bottom sides.<br>
    <br>
        Tom<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:4EE7E436.1030705@sonic.net" type="cite">
      <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
        http-equiv="Content-Type">
      Hi Poornima,<br>
      <br>
        I'm sure ImageJ can do this better than Chimera because ImageJ
      is aimed at 2d image analysis and Chimera is intended for 3d image
      analysis.  Still it can be done in Chimera.  I made your image
      background black, then switched to grayscale in Gimp.  Chimera can
      open a grayscale tiff but not a color one.  Then I used the
      Measure and Color Blobs tool (menu Tools / Volume Data) to find
      that the area you showed in red is about 9000 pixels.  Depends
      exactly where you set the threshold because your red blends
      smoothly into yellow.<br>
      <br>
          Tom<br>
      <br>
      <blockquote
cite="mid:CAO2c_BCviMSXAVr-ARiiK7duGrLUKhS8qjJSP6n4ATR8-U7J0w@mail.gmail.com"
        type="cite">
        <div class="gmail_quote">Respected Sir/Madam,<br>
          <br>
          My name is Poornima and I am a Ph.D. student from India. <br>
          <br>
          My area of research is Biofluid Mechanics. I am modeling
          bubble transport in bifurcating microchannels. <br>
          <br>
          I am performing 2D simulations for the above problem using a
          commercial Computational Fluid Dynamics (CFD) software called
          ANSYS Fluent. ImageJ is currently used for the purpose of post
          processing. But, I haven't entirely been successful in
          estimating the volume accurately. <br>
          <br>
          Please find attached a snapshot of the simulation. In that
          snapshot, my region of interest (ROI) is the red colored area
          whose volume I have to find out. <br>
          <br>
          Is there a way Chimera can help me estimate this volume?<br>
          <br>
          Please let me know your suggestions. <br>
          <br>
          Thank you for your time and patience in reading my mail,
          despite your busy schedule. <br>
          <br>
          Kindly excuse me for any inconvenience caused. <br>
          <br>
          Look forward to receive a positive response at the earliest. <br>
          <br>
          Have a good day. <br>
          <span class="HOEnZb"></span><br>
        </div>
        -- <br>
        With best regards,<br>
        Poornima Josyula<br>
        Ph.D. Scholar<br>
        Fluid Mechanics Laboratory<br>
        Dept. of Applied Mechanics<br>
        IIT, Madras<br>
        India<br>
        E-mail: <a moz-do-not-send="true"
          href="mailto:poornima.josyula@gmail.com" target="_blank">poornima.josyula@gmail.com</a><br>
        <br>
        <br>
        <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
        <br>
        <pre wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
      </blockquote>
      <br>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
  </body>
</html>