
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Yesterday I posted a message regarding Chimera issuing error messages on trying to open trajectory files.<div><br></div><div>The error was "<span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><b>TypeError: Attempt to form duplicate covalent bond."</b></span></div><div><b><br></b></div><div>I believe that the problem arises from the fact that in preparing the topology files with ANTECHAMBER (tleap) in AMBER, I generated disulfide bonds. My guess is that the problem lies there. Has anyone observed similar behaviour?</div><div><br></div><div>Best regards</div><div><br></div><div>George</div><div><br></div><div><br><div><br></div><div><br></div></div></body></html>