
<HTML>

<HEAD>

<TITLE>Gasteiger charge</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Dear Chimera developers:<BR>

<BR>

  I want to assign Gasteiger charges for a ligand, as a preparative step for docking.  The ligand is GTP, extracted from a protein complex structure.<BR>

 <BR>

  I wanted to add the Gasteiger partial charge, and explicitly chose to have a total charge of “-4” on the ligand molecule.  However, the program assigned partial charges that sum to total charge of “-2” instead of “-4”.<BR>

<BR>

  Any idea why the program assigned the Gasteiger partial charges incorrectly, ignoring the input total charge on the ligand.<BR>

<BR>

    Thanks in advance for your help.<BR>

<BR>

  Regards,<BR>

 Ibrahim<BR>

<BR>

<BR>

-- <BR>

<HR ALIGN=CENTER SIZE="3" WIDTH="95%">Ibrahim M. Moustafa, Ph.D.<BR>

Biochemistry and Molecular Biology Dept.<BR>

201 Althouse Lab., University Park,<BR>

Pennsylvania State University<BR>

PA 16802<BR>

<BR>

Tel. (814) 863-8703<BR>

Fax (814) 865-7927<BR>

</SPAN></FONT>

</BODY>

</HTML>