<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Jean-François,<br>
    <br>
      When you use the Segment Map tool (also known as Segger) and mask
    the map to a selected region (for example, using menu entry Regions
    / Mask Map with Selected or File / Save Selected Regions to .mrc
    File) the new masked map outside the region is set to zero.  The
    segmentation regions only extend to the displayed map contour when
    used when you created the segmentation.  So the rough surface of the
    masked map is because the map drops to zero abruptly.  The only
    reasonable fix is to use a lower contour level when doing the
    initial segmentation, a level lower than you will use later when you
    display masked regions.  There is no ability to roll off the mask
    gradually at the boundary.<br>
    <br>
        Tom<br>
    <br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAD2A4EOqcO2+ZS8P73P8OpROTfqmz-AuhcXt2istMc8EhC0myQ@mail.gmail.com"
      type="cite"><font size="2">Hi,<br>
        <br>
        I am using the segmentation tool on a ~15A cryoEM map. I have
        noticed that the surface of the mrc maps saved from selected
        areas look pixelated.   Any suggestions how to improve the
        quality of the segmented maps ?<br>
        <br>
        Best wishes<br>
        <br>
        Jean-François M</font><font size="2">é</font><font size="2">n</font><font
        size="2">é</font><font size="2">tret<br>
      </font>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
  </body>
</html>