<span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: medium; "><table class="Bs nH iY" cellpadding="0" style="background-image: initial; background-attachment: initial; background-origin: initial; background-clip: initial; background-color: rgb(255, 255, 255); width: 918px; position: relative; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-collapse: collapse; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial; ">
<tbody><tr><td class="Bu" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-family: arial, sans-serif; vertical-align: top; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; ">
<div class="nH if" style="padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 1px; padding-left: 0px; "><div class="nH"><div class="nH hx" style="color: rgb(0, 0, 0); padding-top: 4px; padding-right: 8px; padding-bottom: 4px; padding-left: 8px; ">
<div class="nH"><div class="h7 hn ie nH oy8Mbf" style="padding-bottom: 0px; clear: both; "><div class="Bk" style="position: relative; margin-bottom: 10px; border-right-width: 1px; border-bottom-width: 1px; border-left-width: 1px; border-top-style: solid; border-right-style: solid; border-bottom-style: solid; border-left-style: solid; border-top-color: rgb(239, 239, 239); border-right-color: rgb(239, 239, 239); border-left-color: rgb(239, 239, 239); border-bottom-color: rgb(226, 226, 226); border-top-width: 0px; border-top-left-radius: 7px 7px; border-top-right-radius: 7px 7px; border-bottom-right-radius: 7px 7px; border-bottom-left-radius: 7px 7px; width: 669px; ">
<div class="G3 G2" style="padding-top: 3px; background-color: rgb(255, 255, 255); border-right-width: 1px; border-bottom-width: 1px; border-left-width: 1px; border-right-style: solid; border-bottom-style: solid; border-left-style: solid; border-right-color: rgb(188, 188, 188); border-bottom-color: rgb(188, 188, 188); border-left-color: rgb(188, 188, 188); border-top-width: 1px; border-top-style: solid; border-top-color: rgb(188, 188, 188); border-top-left-radius: 7px 7px; border-top-right-radius: 7px 7px; border-bottom-right-radius: 7px 7px; border-bottom-left-radius: 7px 7px; ">
<div><div id=":fb"><div class="HprMsc mNrSre"><div class="gs"><div id=":dv" class="ii gt" style="font-size: 13px; margin-top: 5px; margin-right: 15px; margin-bottom: 5px; margin-left: 15px; padding-bottom: 20px; position: relative; z-index: 2; ">
<div id=":gb"><br>Hi<div><br></div><div>I try to show the electrostatic potential calculated by apbs and written to a pot.dx file.</div><div>This works fine when using the mouse / menus.</div><div><br></div><div>However I try to do this also using the command line interface</div>
<div>because I need to repeat it many times.</div><div><br></div><div>$ chimera chimera.cmd</div><div><br></div><div>$ cat chimera.cmd:</div><div><br></div><div><div>open prod30.pdb</div><div><br></div><div>~ribbon :</div>
<div>~fillring :</div><div>surface :</div><div><br></div><div>open pot.dx</div><div>~scolor #0</div><div>scolor #0 volume #1 cmap rainbow</div><div>scolor #0 volume #1 cmap -15,red:-5,yellow:0,green:5,cyan:15,blue</div></div>
<div><br></div><div><br></div><div>I don't get an error but the surface is colored by volume data, not by electrostatic potential. </div><div>Also the popup window "Surface Color" is not updated for the selected colors.</div>
<div><br></div><div>In the surface color popup I need to select color surface "MSMS surface" again, </div><div>change "volume data value" to "electrostatic potential"</div><div>and then push the button "Color". Then I get what I want, but unfortunately using the mouse again.</div>
<div><br></div><div>This should be done by the script too, I guess?</div><div><br></div><div>I m using the last stable chimera 64 version for unix on redhat.</div><div><br></div><div>best regards</div><div>mathy</div><div>
<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></td></tr></tbody></table></span>