Here it is:<div><br></div><div><div>from chimera import openModels, Molecule, runCommand</div><div>i=1</div><div>runCommand ("morph start #0 frames 2")</div><div>totalModels=len(openModels.list(modelTypes=[Molecule]))</div>
<div>for m in openModels.list(modelTypes=[Molecule]):</div><div>    while i < totalModels:     </div><div>        runCommand ("morph interpolate #" +str(i)+ " frames 2")</div><div>        i=int(i)+1</div>
<div>            </div><div>runCommand ("morph movie")</div><div><br></div><div><br></div><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 20, 2011 at 1:54 PM, Darren Weber <span dir="ltr"><<a href="mailto:dweber@cgl.ucsf.edu">dweber@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><br>
Hi,<br>
<br>
Can we see the interpolation code?<br>
<br>
-- Darren<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
On 09/20/2011 09:40 AM, Daniel Gurnon wrote:<br>
> Hi everyone,<br>
> For the purpose of making educational content, I'm interested in<br>
> smoothing out the often jumpy transitions from frame to frame in a MD<br>
> trajectory. My approach was to write two python scripts (with critical<br>
> help from Eric of course); one goes through the trajectory and saves<br>
> pdbs of each desired frame, while the second opens these pdbs and<br>
> creates a morph, interpolating from one pdb to the next.<br>
><br>
> It seemed like I was almost there, and it looked great when I tried 50<br>
> frames.....but Chimera crashed when I tried morphing 200 frames,<br>
> adding 3 frames of interpolation between each.<br>
><br>
> Is there a better way to add transitions in between (ideally thousands<br>
> of) frames of an MD trajectory?<br>
><br>
> Thanks<br>
> Dan<br>
> --<br>
> ____________________________<br>
><br>
> Daniel Gurnon, Ph. D.<br>
> Associate Professor of Chemistry and Biochemistry<br>
> DePauw University<br>
> Greencastle, IN 46135<br>
><br>
> p: <a href="tel:765-658-6279" value="+17656586279">765-658-6279</a><br>
</div></div>> e: <a href="mailto:danielgurnon@depauw.edu">danielgurnon@depauw.edu</a> <mailto:<a href="mailto:danielgurnon@depauw.edu">danielgurnon@depauw.edu</a>><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Chimera-users mailing list<br>
> <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>____________________________<br><br>Daniel Gurnon, Ph. D.<br>Associate Professor of Chemistry and Biochemistry<br>DePauw University<br>Greencastle, IN 46135<br>
<br>p: 765-658-6279<br>e: <a href="mailto:danielgurnon@depauw.edu" target="_blank">danielgurnon@depauw.edu</a><br>
</div>