Thank you Elaine and Mary,<br><br>
Now i am able to do the modification now. It is wonderful to have an option to adjust the newly added bonds. <br>
<br>
Bala<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 12, 2011 at 7:11 AM, MARY VARUGHESE <span dir="ltr"><<a href="mailto:maryvjes1985@yahoo.co.in">maryvjes1985@yahoo.co.in</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font:inherit" valign="top">hi,<br>consider creating bonds only after checking their valencies and bondtype like single or double bond.<br>Hope this will help you.<br>
<br>Mary<br><br>--- On <b>Sat, 10/9/11, Bala subramanian <i><<a href="mailto:bala.biophysics@gmail.com" target="_blank">bala.biophysics@gmail.com</a>></i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left:2px solid rgb(16, 16, 255);margin-left:5px;padding-left:5px">
<br>From: Bala subramanian <<a href="mailto:bala.biophysics@gmail.com" target="_blank">bala.biophysics@gmail.com</a>><br>Subject: [Chimera-users] structure editing query<br>To: "chimera-users BB" <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>><br>
Date: Saturday, 10 September, 2011, 4:17 PM<div><div></div><div class="h5"><br><br><div>Friends,<br>I am trying to modify the sugar of a nucleotide. I am interested in making a linkage of two carbons in the sugar as in the attached pdb. I tried to use the Build structure -> modify structure option but it does not work in the sense that when i select
 carbon atom (c2') and tried to connect it to an oxygen, chimera says that it is already bonded and hence some bonds to create a new one. Is there any way to make such linkages as in the pdb ?<br>
<br>Thanks,<br>Bala<br>
</div><br></div></div>-----Inline Attachment Follows-----<div class="im"><br><br><div>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="http://mc/compose?to=Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></div></div></blockquote></td></tr></tbody></table></blockquote></div><br>