Hi, I am trying to understand what would exactly happen when join two peptide fragment together. My question is how Chimera manage to avoid any collision of atoms from two fragments. Is there any automatic minimization going on while using this Join Models function?  Or it is actually possible to see overlapped coordinates of atoms in space after joining two fragments.<br>
<br>Thank you very much.<br><br>  <br>Joyce Yang<br><br><br>