<html>
  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Dear Chimera developers,<br>
    <br>
    I've got a problem with scripting in chimera. By analogy with your
    example I've written a python script for geometry optimization of
    small library of ligands. In GUI mode all commands run smoothly as I
    type them into chimera command line. Nevertheless, when I try to run
    a script containing the same commands I get the error `unrecognized
    command: "minimize"`, no matter if I run it from GUI interface menu
    or with --nogui parameter. <br>
    <br>
    Here is my testing script (test.py): <br>
    <br>
    <blockquote> import os<br>
       import chimera<br>
       from chimera import runCommand as rc <br>
       from chimera import replyobj <br>
       os.chdir("/home/viachaslau/sybyl/sublib/")<br>
       fn = "lib1.mol2"<br>
       rc("open " + fn)<br>
       rc("miminize nsteps 70000 stepsize 0.001 interval 100 freeze none
      nogui true")<br>
       rc("write format pdb 0 min/" + fn + ".pdb")<br>
       rc("close all")<br>
       rc("stop now")<br>
    </blockquote>
    And here is the output from Python:<br>
    <br>
    <blockquote>~/sublib> ~/chimera/bin/chimera --nogui test.py<br>
      Executing test.py...<br>
      Opening lib1.mol2...<br>
      UNQ1 opened<br>
      <br>
      Traceback (most recent call last):<br>
        File "/home/viachaslau/chimera/share/chimeraInit.py", line 677,
      in init<br>
          chimera.openModels.open(a, prefixableType=1)<br>
        File "/home/viachaslau/chimera/share/chimera/__init__.py", line
      1541, in open<br>
          models = func(filename, *args, **kw)<br>
        File "/home/viachaslau/chimera/share/chimera/__init__.py", line
      973, in _openPython<br>
          loadFunc(sandboxName, fileName, f)<br>
        File "test.py", line 8, in <module><br>
          rc("miminize nsteps 70000 stepsize 0.001 interval 100 freeze
      none nogui true")<br>
        File "/home/viachaslau/chimera/share/chimera/__init__.py", line
      2235, in runCommand<br>
          makeCommand(*args, **kw)<br>
        File "/home/viachaslau/chimera/share/Midas/midas_text.py", line
      78, in makeCommand<br>
          'Unrecognized command: "%s"' % cmd<br>
      MidasError: Unrecognized command: "miminize"<br>
      Error while processing test.py:<br>
      MidasError: Unrecognized command: "miminize"<br>
      <br>
        File "/home/viachaslau/chimera/share/Midas/midas_text.py", line
      78, in makeCommand<br>
          'Unrecognized command: "%s"' % cmd<br>
      <br>
      See reply log for Python traceback.<br>
    </blockquote>
    I run SUSE 11.3 as operating system and chimera is installed into
    ~/chimera/<br>
    I also tried to run commands row by row in IDLE window of chimera
    and found out that python suspends on runCommand("minimize ...")
    command<br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Viachaslau Bernat, PhD-student
Department Chemistry and Pharmacy
Schuhstrasse 19, 91052 Erlangen – Germany
Phone: +49-9131-8522588
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.medchem.uni-erlangen.de">www.medchem.uni-erlangen.de</a></pre>
  </body>
</html>