Hi everyone,<div>I have a question for the python experts:</div><div><br></div><div>Suppose I have opened an MD trajectory using MD movie.</div><div><br></div><div>I want a script that will capture images along the trajectory spaced by user-defined timespans. Problem is, I don't know how to use a script to go to a specific frame in MD movie. As I understand it, coordset, as employed in the following example, requires the user to first play through the entire trajectory. With a million frames, that's not practical. Here's what I have so far, cobbled together from examples and my own limited understanding of Python.</div>

<div><br></div><div><br></div><div>----------------------------</div><div>from chimera import runCommand</div><div><div><br></div><div>timestep=input ("How many picoseconds pass between frames?")</div><div>spacing=input ("What spacing, in ps, do you want between structures?")</div>

<div>start=input ("Which frame do you want to start with?")</div><div>end=input ("What frame do you want to end with?")</div><div><br></div><div><div>runCommand("coordset #0" + start)</div><div>
runCommand("focus")</div><div>runCommand("copy file C:\Users\Dan\Desktop" + "\\" +start + ".png" + " width 2000 width 2000 supersample 3")</div></div><div>----------------------------</div>
<div><br></div><div>So in place of coordest, what could I use to jump to frames within MD movie?</div></div><div><br></div><div>And while I'm at it,</div><div>How can I generically specify the desktop in a windows environment (so that I could give this to a student and they wouldn't have to change "Dan" in c:\users\Dan\Desktp")</div>
<div>How can I change the filename for the image to reflect framenumber? </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks as always for your help.</div><div>Dan<br>-- <br>____________________________<br><br>
Daniel Gurnon, Ph. D.<br>Associate Professor of Chemistry and Biochemistry<br>DePauw University<br>
Greencastle, IN 46135<br><br>p: <a href="tel:765-658-6279" value="+17656586279" target="_blank">765-658-6279</a><br>e: <a href="mailto:danielgurnon@depauw.edu" target="_blank">danielgurnon@depauw.edu</a><br>
</div>