
<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    Dear all,<br>

    <br>

    Here is a single pdb file called modetest_14.pdb. It contains 6

    structures: 1 protein MutS (only chain B) with 5 different

    conformations + another protein MutL (chains A and B). <br>

    <br>

    In Chimera, the protein with the 5 different conformations is

    displayed as model 0.1 to 0.5. The other protein is model 0.6.<br>

    <br>

    I would like to calculate the distance between the residue 239 of

    MutS chain B (for the 5 conformations) and the residue 169 of MutL

    chain A.<br>

    <br>

    I wrote this script which reports this error message:  expected an

    indented block (scriptdistance.py, line 4)<br>

    <br>

    <b>from chimera import runCommand as rc<br>

      rc(r"open C:\Program Files (x86)\Hex 6.3\examples\New Hex

      run_SL_250211\FirstRun_S_Ldimer\New_filtering\Eucl_Dist_S246-L297\Top

      solutions\SL0265B\dockLH248\NMA\Test\modetest_14.pdb")     <br>

      for i in range(1, 6):<br>

      rc("distance #0.%d:239.B@N #0.6:169.A@N" % i)</b><br>

    <br>

    May you tell me what is wrong? the script correctly opens the file

    so I suppose it is the python string #0.%d (intended to specify 0.1,

    0.2,... 0.5)!?<br>

    <br>

    Thanks for your help<br>

    <br>

    Damien<br>

  </body>

</html>