<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Damien,<br>
    <br>
      Python uses indentation for "for" loops and other code blocks.  So
    you just need to indent the rc(...) line in the for loop by one or
    more spaces.  If you end up adding more lines inside the "for" loop
    they all have to be indented by the same number of spaces.<br>
    <br>
        Tom<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:4E3B9FFB.7090401@fourmentinguilbert.org"
      type="cite">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      Dear all,<br>
      <br>
      Here is a single pdb file called modetest_14.pdb. It contains 6
      structures: 1 protein MutS (only chain B) with 5 different
      conformations + another protein MutL (chains A and B). <br>
      <br>
      In Chimera, the protein with the 5 different conformations is
      displayed as model 0.1 to 0.5. The other protein is model 0.6.<br>
      <br>
      I would like to calculate the distance between the residue 239 of
      MutS chain B (for the 5 conformations) and the residue 169 of MutL
      chain A.<br>
      <br>
      I wrote this script which reports this error message:  expected an
      indented block (scriptdistance.py, line 4)<br>
      <br>
      <b>from chimera import runCommand as rc<br>
        rc(r"open C:\Program Files (x86)\Hex 6.3\examples\New Hex
        run_SL_250211\FirstRun_S_Ldimer\New_filtering\Eucl_Dist_S246-L297\Top
        solutions\SL0265B\dockLH248\NMA\Test\modetest_14.pdb")     <br>
        for i in range(1, 6):<br>
        rc("distance #0.%d:239.B@N #0.6:169.A@N" % i)</b><br>
      <br>
      May you tell me what is wrong? the script correctly opens the file
      so I suppose it is the python string #0.%d (intended to specify
      0.1, 0.2,... 0.5)!?<br>
      <br>
      Thanks for your help<br>
      <br>
      Damien<br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
  </body>
</html>