<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Andy,<br>
    <br>
      The "vop unbend" command can straighten the density from a curved
    filament.  The tricky part is you need a center-line path.  You
    could define that by placing 3 markers.<br>
    <br>
       
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#unbend">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#unbend</a><br>
    <br>
      Bending a straight filament map to follow a curve is not
    available.  This is the inverse of the vop unbend operation.  You
    can do a fake version of this by making a helical curve around the
    straight density map and then using vop unbend.  That won't center
    the filament on the helical path, but it will create something
    similar by straightening the helix which I think will twist the
    density.<br>
    <br>
        Tom<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:1310261766.8698.YahooMailClassic@web95609.mail.in.yahoo.com"
      type="cite">
      <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
        <tbody>
          <tr>
            <td style="font: inherit;" valign="top">Hi Tom-
              <div><br>
              </div>
              <div>
                <div>Not sure if there is an option for this -</div>
                <div><br>
                </div>
                <div>1. can we bend an electron density map of a
                  filament/tube by an small angle ? </div>
                <div><br>
                </div>
                <div>2. Can we generate an helix using a  density map of
                  a filament.</div>
                <div>An example will be that of the bacterial flagella -
                  it has the local helical arrangement of the flagellin
                  molecule and then thAT ARRANGEMENT  extends over
                  several micrometers like a "sinusoidal wave" with
                  different helical arrangement to the filament axis.</div>
                <div><br>
                </div>
                <div>Best</div>
                <div>Andy</div>
                <div><br>
                </div>
                <br>
                Dr. Anindito Sen (Ph.D)<br>
              </div>
            </td>
          </tr>
        </tbody>
      </table>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
  </body>
</html>