
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7650.28">

<TITLE>Inner Cavities</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Dear helper,<BR>

<BR>

I know the general pathway to get an inner cavity with CHIMERA 1.5.2<BR>

e.g.<BR>

tools surface surfnet #0 MESH Apply<BR>

control click on mesh (all bubbles selected)<BR>

commandline:ac Sc<BR>

control click on bubble of interest (select only 1 bubble)<BR>

select invert (selected models) all wrong bubbles are selected<BR>

action surface hide<BR>

....<BR>

<BR>

My problem is, there is no inner bubble detected in my molecule but there is one!<BR>

There were ligands which have been removed before.<BR>

What happens? Is there a probe sphere too large? Where can it set smaller?<BR>

Thank you for help,<BR>

Juergen<BR>

</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>